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- PDB-1hn0: CRYSTAL STRUCTURE OF CHONDROITIN ABC LYASE I FROM PROTEUS VULGARI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hn0
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF CHONDROITIN ABC LYASE I FROM PROTEUS VULGARIS AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION
要素CHONDROITIN ABC LYASE I
キーワードLYASE / chondroitinase ABC I / chonroitin digestion
機能・相同性
機能・相同性情報


chondroitin-sulfate-ABC endolyase / chondroitin-sulfate-ABC endolyase activity / glycosaminoglycan catabolic process / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / periplasmic space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lyase, N-terminal / Lyase, catalytic / Chondroitin sulfate ABC endolyase / Chondroitin sulfate ABC lyase / Lyase, N terminal / Lyase, catalytic / Polysaccharide lyase family 8, C-terminal / Polysaccharide lyase family 8, C-terminal beta-sandwich domain / Polysaccharide lyase family 8, central domain / Polysaccharide lyase family 8, super-sandwich domain ...Lyase, N-terminal / Lyase, catalytic / Chondroitin sulfate ABC endolyase / Chondroitin sulfate ABC lyase / Lyase, N terminal / Lyase, catalytic / Polysaccharide lyase family 8, C-terminal / Polysaccharide lyase family 8, C-terminal beta-sandwich domain / Polysaccharide lyase family 8, central domain / Polysaccharide lyase family 8, super-sandwich domain / Galactose-binding lectin / Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal / Chondroitin AC/alginate lyase / Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 / Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal / Chondroitin AC/alginate lyase / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #10 / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Galactose-binding-like domain superfamily / Distorted Sandwich / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chondroitin sulfate ABC endolyase
類似検索 - 構成要素
生物種Proteus vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散, 多重同系置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Huang, W. / Cygler, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of Proteus vulgaris Chondroitin Sulfate ABC Lyase I at 1.9 Angstroms Resolution
著者: Huang, W. / Lunin, V.V. / Li, Y. / Suzuki, S. / Sugiura, N. / Miyazono, H. / Cygler, M.
履歴
登録2000年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHONDROITIN ABC LYASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,2392
ポリマ－115,2161
非ポリマー231
水30,0131666
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.280, 95.140, 229.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CHONDROITIN ABC LYASE I


分子量: 115216.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Proteus vulgaris (バクテリア) / 株: NCTC 4636 / 参照: UniProt: P59807, EC: 4.2.2.4
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1666 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 3350, amonium acetate, magnesium acetate, Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
115 %(w/v)PEG33501reservoir
20.2 Mammonium acetate1reservoir
30.2 Mmagnesium acetate1reservoir
40.1 MTris1reservoirpH8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.006 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年8月24日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.006 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 77350 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル最高解像度: 1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.248 / % possible all: 82.4
反射
*PLUS
Num. obs: 78220 / % possible obs: 91.3 % / Num. measured all: 805344
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.08精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散, 多重同系置換
解像度: 1.9→19.88 Å / SU B: 3.024 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21224 1548 2 %RANDOM
Rwork0.15642 ---
obs0.15753 75799 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.781 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7 Å20 Å20 Å2
2--0.19 Å20 Å2
3----0.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7759 0 1 1666 9426
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0217953
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4431.93410789
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6575969
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.891151356
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.21165
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026082
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.24007
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1780.21360
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2020.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1970.2113
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8471.54841
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.50727821
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.40333112
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7284.52968
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.905→1.954 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.234 98
Rwork0.161 4873
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / バージョン: 5.1.08 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. reflection obs: 75800 / Rfactor Rfree: 0.213 / Rfactor Rwork: 0.157
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.44
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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