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万見
- PDB-1hmp: THE CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSY... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hmp
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN HYPOXANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE WITH BOUND GMP
要素HYPOXANTHINE GUANINE PHOSPHORIBOSYL-TRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE (GLYCOSYLTRANSFERASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective HPRT1 disrupts guanine and hypoxanthine salvage / GMP catabolic process / adenine metabolic process / cerebral cortex neuron differentiation / positive regulation of dopamine metabolic process / hypoxanthine salvage / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / lymphocyte proliferation / guanine phosphoribosyltransferase activity / IMP metabolic process ...Defective HPRT1 disrupts guanine and hypoxanthine salvage / GMP catabolic process / adenine metabolic process / cerebral cortex neuron differentiation / positive regulation of dopamine metabolic process / hypoxanthine salvage / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / lymphocyte proliferation / guanine phosphoribosyltransferase activity / IMP metabolic process / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / Purine salvage / grooming behavior / GMP salvage / IMP salvage / striatum development / AMP salvage / dopaminergic neuron differentiation / purine nucleotide biosynthetic process / purine ribonucleoside salvage / Azathioprine ADME / dendrite morphogenesis / dopamine metabolic process / central nervous system neuron development / response to amphetamine / locomotory behavior / T cell mediated cytotoxicity / protein homotetramerization / nucleotide binding / magnesium ion binding / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hypoxanthine phosphoribosyl transferase / : / Purine/pyrimidine phosphoribosyl transferases signature. / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Eads, J.C. / Scapin, G. / Xu, Y. / Grubmeyer, C. / Sacchettini, J.C.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1994
タイトル: The crystal structure of human hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase with bound GMP.
著者: Eads, J.C. / Scapin, G. / Xu, Y. / Grubmeyer, C. / Sacchettini, J.C.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Crystal Structure of Orotate Phosphoribosyltransferase
著者: Scapin, G. / Grubmeyer, C. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録1994年6月3日処理サイト: BNL
改定 1.01995年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Other / Refinement description / カテゴリ: pdbx_database_status / software
Item: _pdbx_database_status.process_site / _software.classification
改定 1.42019年8月14日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYPOXANTHINE GUANINE PHOSPHORIBOSYL-TRANSFERASE
B: HYPOXANTHINE GUANINE PHOSPHORIBOSYL-TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6894
ポリマ－48,9622
非ポリマー7262
水1,53185
1
A: HYPOXANTHINE GUANINE PHOSPHORIBOSYL-TRANSFERASE
B: HYPOXANTHINE GUANINE PHOSPHORIBOSYL-TRANSFERASE
ヘテロ分子

A: HYPOXANTHINE GUANINE PHOSPHORIBOSYL-TRANSFERASE
B: HYPOXANTHINE GUANINE PHOSPHORIBOSYL-TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,3788
ポリマ－97,9254
非ポリマー1,4534
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area11460 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area35900 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)129.500, 66.450, 52.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 HYPOXANTHINE GUANINE PHOSPHORIBOSYL-TRANSFERASE


分子量: 24481.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P00492, hypoxanthine phosphoribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP


分子量: 363.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE HET GROUP HAS A CHARGE OF 1- AT PH 5.6.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.06 %
結晶化
*PLUS
pH: 5.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlprotein1drop
20.2 Mammonium sulfate1reservoirprecipitant
30.1 Msodium acetate1reservoirprecipitant
420-24 %PEG40001reservoirprecipitant
51-2 mMdithiothreitol1reservoirprecipitant
60.5 mMEDTA1reservoirprecipitant

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.45 Å / Num. obs: 16428 / % possible obs: 85 % / Rmerge(I) obs: 0.07

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
TNT精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.5→20 Å / σ(F): 1
詳細: A LOOP OF RESIDUES 103 - 121 IN BOTH CHAINS A AND B IS POORLY ORDERED. COORDINATES GIVEN FOR THIS REGION RESULT FROM A TENTATIVE FITTING TO POOR ELECTRON DENSITY AND SHOULD BE TREATED WITH ...詳細: A LOOP OF RESIDUES 103 - 121 IN BOTH CHAINS A AND B IS POORLY ORDERED. COORDINATES GIVEN FOR THIS REGION RESULT FROM A TENTATIVE FITTING TO POOR ELECTRON DENSITY AND SHOULD BE TREATED WITH CAUTION. FOR THIS LOOP IN THE SECOND MONOMER, RESIDUES 105 - 108 AND 121 ARE MISSING. SOME RESIDUES IN THIS REGION ARE MODELED AS ALANINE RESIDUES.
Rfactor反射数
Rwork0.186 -
obs0.186 14328
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3297 0 48 85 3430
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.186
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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