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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hlp | ||||||
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タイトル | STRUCTURAL FEATURES STABILIZING HALOPHILIC MALATE DEHYDROGENASE FROM AN ARCHAEBACTERIUM | ||||||
![]() | MALATE DEHYDROGENASE | ||||||
![]() | DEHYDROGENASE / HALOPHILIC | ||||||
機能・相同性 | ![]() malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / lactate metabolic process / L-lactate dehydrogenase activity / pyruvate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Dym, O. / Mevarech, M. / Sussman, J.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Features That Stabilize Halophilic Malate Dehydrogenase from an Archaebacterium. 著者: Dym, O. / Mevarech, M. / Sussman, J.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 123.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 98 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 937.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 982.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.904838, 0.001957, 0.425752), ベクター: 詳細 | THE PROTEIN FORMS A TETRAMER. THE FOLLOWING TRANSFORMATION CAN BE USED TO GENERATE THE TETRAMER FROM THE COORDINATES GIVEN: SYMMETRY1 1 -1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 1 0.000000 0.000000 -1.000000 61.72839 | |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32706.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | 配列の詳細 | THE SEQUENCE HAS NOT BEEN REPORTED. IT WAS DERIVED FROM THE SEQUENCE OF J. CHROBOCZEK ET AL., ...THE SEQUENCE HAS NOT BEEN REPORTED. IT WAS DERIVED FROM THE SEQUENCE OF J. CHROBOCZEK | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.25 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 69.5 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 19 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 12508 / % possible obs: 88.3 % |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3.24 Å / Num. all: 14158 / Rmerge(I) obs: 0.087 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3.2→10 Å / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection all: 10915 / Rfactor all: 0.182 / Rfactor Rfree: 0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.01 |