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- PDB-1hll: NMR STRUCTURE OF T3-I2, A 32 RESIDUE PEPTIDE FROM THE ALPHA-2A AD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hll
タイトルNMR STRUCTURE OF T3-I2, A 32 RESIDUE PEPTIDE FROM THE ALPHA-2A ADRENERGIC RECEPTOR
要素ALPHA-2A ADRENERGIC RECEPTOR
キーワードMEMBRANE PROTEIN / helix-linker-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of uterine smooth muscle contraction / adenylate cyclase-inhibiting adrenergic receptor signaling pathway / phospholipase C-activating adrenergic receptor signaling pathway / alpha2-adrenergic receptor activity / Adrenaline signalling through Alpha-2 adrenergic receptor / alpha-2C adrenergic receptor binding / receptor transactivation / epinephrine binding / alpha-1B adrenergic receptor binding / negative regulation of norepinephrine secretion ...negative regulation of uterine smooth muscle contraction / adenylate cyclase-inhibiting adrenergic receptor signaling pathway / phospholipase C-activating adrenergic receptor signaling pathway / alpha2-adrenergic receptor activity / Adrenaline signalling through Alpha-2 adrenergic receptor / alpha-2C adrenergic receptor binding / receptor transactivation / epinephrine binding / alpha-1B adrenergic receptor binding / negative regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of calcium ion transmembrane transporter activity / negative regulation of epinephrine secretion / heterotrimeric G-protein binding / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / fear response / dopaminergic synapse / Surfactant metabolism / positive regulation of potassium ion transport / thermoception / thioesterase binding / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / norepinephrine binding / Adrenoceptors / intestinal absorption / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of wound healing / activation of protein kinase activity / adrenergic receptor signaling pathway / negative regulation of calcium ion transport / Rho protein signal transduction / regulation of vasoconstriction / negative regulation of lipid catabolic process / negative regulation of insulin secretion / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / GABA-ergic synapse / presynaptic active zone membrane / axon terminus / cellular response to hormone stimulus / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / activation of protein kinase B activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of cytokine production / female pregnancy / postsynaptic density membrane / positive regulation of MAP kinase activity / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / platelet activation / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / G alpha (z) signalling events / vasodilation / glucose homeostasis / G alpha (i) signalling events / actin cytoskeleton organization / basolateral plasma membrane / Ras protein signal transduction / DNA replication / positive regulation of MAPK cascade / receptor complex / positive regulation of cell migration / protein heterodimerization activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / neuronal cell body / glutamatergic synapse / positive regulation of cell population proliferation / protein kinase binding / protein homodimerization activity / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha 2A adrenoceptor / Adrenoceptor family / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-2A adrenergic receptor
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR / simulated annealing in torsion angle space
データ登録者Chung, D.A. / Zuiderweg, E.R.P. / Neubig, R.R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: NMR structure of the second intracellular loop of the alpha 2A adrenergic receptor: evidence for a novel cytoplasmic helix.
著者: Chung, D.A. / Zuiderweg, E.R. / Fowler, C.B. / Soyer, O.S. / Mosberg, H.I. / Neubig, R.R.
履歴
登録2000年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-2A ADRENERGIC RECEPTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,7981
ポリマ－3,7981
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ALPHA-2A ADRENERGIC RECEPTOR / ALPHA-2A ADRENOCEPTOR


分子量: 3798.379 Da / 分子数: 1 / 断片: SECOND INTRACELLULAR LOOP T3-I2 (RESIDUES 118-149) / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide occurs naturally in Homo sapiens (human).
参照: UniProt: P08913

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
1312D COSY
2412D NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.9 mM T3-I2 natural abundance; 460 mM D38-dodecylphosphocholine, 50 mM NaCl, 10 mM NaH2PO4, pH 4.590% H2O/10% D2O
20.9 mM T3-I2 natural abundance; 460 mM D38 dodecylphosphocholine, 50 mM NaCl, 10 mM NaH2PO4, pH 4.5100% D2O
試料状態イオン強度: 50 mM NaCl / pH: 4.5 / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
DYANAGuentert構造決定
XEASYBARTELS解析
NMRPipeDELAGLIOデータ解析
NMRViewJOHNSON解析
SPSCANGLASER解析
DYANAGuentert精密化
精密化手法: simulated annealing in torsion angle space / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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