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万見
- PDB-1hky: Solution structure of a PAN module from Eimeria tenella -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hky
タイトルSolution structure of a PAN module from Eimeria tenella
要素MICRONEME PROTEIN 5 PRECURSOR
キーワードADHESIN / PAN MODULE / EIMERIA TENELLA
機能・相同性
機能・相同性情報


proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
PAN domain / Hepatocyte Growth Factor / Hepatocyte Growth Factor / divergent subfamily of APPLE domains / Apple domain / APPLE domain / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / 3-Layer(bba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Micronemal protein MIC4, related
類似検索 - 構成要素
生物種EIMERIA TENELLA (鶏盲腸コクシジウム)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Brown, P.J. / Mulvey, D. / Potts, J.R. / Tomley, F.M. / Campbell, I.D.
引用ジャーナル: J.Struct.Funct.Genom. / 年: 2003
タイトル: Solution Structure of a Pan Module from the Apicomplexan Parasite Eimeria Tenella
著者: Brown, P.J. / Mulvey, D. / Potts, J.R. / Tomley, F.M. / Campbell, I.D.
履歴
登録2002年10月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MICRONEME PROTEIN 5 PRECURSOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2331
ポリマ－9,2331
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 250LOW ENERGY AND LEAST RESTRAINT VIOLATIONS
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 MICRONEME PROTEIN 5 PRECURSOR / MIC-5 / ETMIC5


分子量: 9233.349 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 712-786 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CONSTRUCT INCLUDES 11 NON-NATIVE RESIDUES N-TERMINAL TO THR712
由来: (組換発現) EIMERIA TENELLA (鶏盲腸コクシジウム)
株: HOUGHTON
解説: ETMIC5 IS A SECRETED PROTEIN FROM THE MICRONEME ORGANELLES
プラスミド: PFLAG-ATS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9U966
配列の詳細11 NON-NATIVE RESIDUES N-TERMINAL TO THR712

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121TOCSY
131COSY
1411H-15N-NOESY-HSQC 1H-15N-TOCSY-HSQC
151HMQCJ
NMR実験の詳細Text: STRUCTURE WAS DETERMINED USING HETERONUCLEAR NMR SPECTROSCOPY ON 15N-LABELLED 9TH PAN MODULE FROM ETMIC5. MODEL 1 HAS LOWEST ENERGY

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試料調製

詳細内容: 0.8 MM IN 93% H2O/7% D2O OR 1.7 MM IN 99.9% D2O
試料状態pH: 4.7 / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
5001
6002
7503

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR3.8BRUNGER精密化
XPLOR3.8構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: REFINEMENT DETAILS WILL BE PUBLISHED
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOW ENERGY AND LEAST RESTRAINT VIOLATIONS
計算したコンフォーマーの数: 250 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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