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- PDB-1hjz: Crystal structure of AF1521 protein containing a macroH2A domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hjz
タイトルCrystal structure of AF1521 protein containing a macroH2A domain
要素HYPOTHETICAL PROTEIN AF1521
キーワードMACRO_H2A DOMAIN/HYDROLASE / HISTONE MACROH2A / CRYSTAL STRUCTURE P-LOOP NUCLEOTIDE HYDROLASE / MACRO_H2A DOMAIN-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-glutamate ADP-deribosylation / ADP-ribosylglutamate hydrolase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
類似検索 - 分子機能
Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain / Macro domain-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADP-ribose glycohydrolase AF_1521
類似検索 - 構成要素
生物種ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Allen, M.D. / Buckle, A.M. / Cordell, S.C. / Lowe, J. / Bycroft, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: The Crystal Structure of Af1521 a Protein from Archaeoglobus Fulgidus with Homology to the Non-Histone Domain of Macroh2A
著者: Allen, M.D. / Buckle, A.M. / Cordell, S.C. / Lowe, J. / Bycroft, M.
履歴
登録2003年3月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYPOTHETICAL PROTEIN AF1521
B: HYPOTHETICAL PROTEIN AF1521
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3574
ポリマ－41,9662
非ポリマー3902
水5,026279
1
A: HYPOTHETICAL PROTEIN AF1521
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1782
ポリマ－20,9831
非ポリマー1951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: HYPOTHETICAL PROTEIN AF1521
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1782
ポリマ－20,9831
非ポリマー1951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)119.930, 55.720, 62.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.15, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 HYPOTHETICAL PROTEIN AF1521


分子量: 20983.236 Da / 分子数: 2 / 断片: MACROH2A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌) / 解説: SYNTHETIC GENE / プラスミド: MODIFIED PRSET(A) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: O28751
#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.59 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.1M MES BUFFER, PH 6.5 18% PEG 5000 MME, 0.2M AMMONIUM SULPHATE, 25MM MANGANESE CHLORIDE
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
118 %(w/v)PEG5000 MME1reservoir
20.1 MMES1reservoirpH6.5
30.2 Mammonium sulfate1reservoir
425 mM1reservoirMnCl2
510 mg/mlprotein1drop
65 mMdithiothreitol1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 1
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→17.1 Å / Num. obs: 40692 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / % possible all: 98.5
反射
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 17.1 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.047
反射 シェル
*PLUS
Mean I/σ(I) obs: 5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 -5 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.203 40692 98.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2946 0 24 279 3249
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.185
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2MES.PARMES.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4WATER.PARAM
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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