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- PDB-1hjr: ATOMIC STRUCTURE OF THE RUVC RESOLVASE: A HOLLIDAY JUNCTION-SPECI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hjr
タイトルATOMIC STRUCTURE OF THE RUVC RESOLVASE: A HOLLIDAY JUNCTION-SPECIFIC ENDONUCLEASE FROM E. COLI
要素HOLLIDAY JUNCTION RESOLVASE (RUVC)
キーワードSITE-SPECIFIC RECOMBINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


crossover junction endodeoxyribonuclease / Holliday junction resolvase complex / crossover junction DNA endonuclease activity / replication fork reversal / recombinational repair / response to radiation / magnesium ion binding / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC, magnesium-binding site / Crossover junction endodeoxyribonuclease ruvC signature. / Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC / Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ariyoshi, M. / Vassylyev, D.G. / Morikawa, K.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1994
タイトル: Atomic structure of the RuvC resolvase: a holliday junction-specific endonuclease from E. coli.
著者: Ariyoshi, M. / Vassylyev, D.G. / Iwasaki, H. / Nakamura, H. / Shinagawa, H. / Morikawa, K.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Preliminary Crystallographic Study of Escherichia Coli RuvC Protein: An Endonuclease Specific for Holliday Junctions
著者: Ariyoshi, M. / Vassylyev, D.G. / Iwasaki, H. / Fujishima, A. / Shinagawa, H. / Morikawa, K.
履歴
登録1994年12月2日処理サイト: BNL
改定 1.01995年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Other / Refinement description / カテゴリ: pdbx_database_status / software
Item: _pdbx_database_status.process_site / _software.classification
改定 1.42019年8月14日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HOLLIDAY JUNCTION RESOLVASE (RUVC)
B: HOLLIDAY JUNCTION RESOLVASE (RUVC)
C: HOLLIDAY JUNCTION RESOLVASE (RUVC)
D: HOLLIDAY JUNCTION RESOLVASE (RUVC)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9704
ポリマ－67,9704
非ポリマー00
水3,567198
1
A: HOLLIDAY JUNCTION RESOLVASE (RUVC)
C: HOLLIDAY JUNCTION RESOLVASE (RUVC)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9852
ポリマ－33,9852
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1870 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area15910 Å2
手法PISA
2
B: HOLLIDAY JUNCTION RESOLVASE (RUVC)
D: HOLLIDAY JUNCTION RESOLVASE (RUVC)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9852
ポリマ－33,9852
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area16060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.800, 139.600, 32.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.9997, 0.01319, -0.0204), (-0.0138, -0.9994, 0.0321), (-0.0199, 0.03234, 0.9993)35.73, -9.35, -16.11
2given(-0.4791, 0.3792, 0.7917), (0.2988, -0.7776, 0.5533), (0.8254, 0.5016, 0.2592)-23.38, 22.64, 5.93
3given(0.4891, -0.3552, 0.7966), (-0.2994, 0.7895, 0.5358), (-0.8192, -0.5006, 0.2798)-57.46, 31.06, 24.55

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要素

#1: タンパク質
HOLLIDAY JUNCTION RESOLVASE (RUVC)


分子量: 16992.602 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A814, crossover junction endodeoxyribonuclease
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.13 %
結晶化
*PLUS
手法: microdialysis / 詳細: Ariyoshi, M., (1994) J.Mol.Biol., 241, 281.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18.0 mg/mlprotein solution11
250 mMTris-HCl12
3300-400 mM12NaCl
47.5 %(v/v)glycerol12
51 mMEDTA12
61 mMDTT12

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 15545

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
PROLSQ精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.5→6 Å / Rfactor Rwork: 0.157 / Rfactor obs: 0.157
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4768 0 0 198 4966
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 15545 / Rfactor obs: 0.157 / Rfactor Rwork: 0.157
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 0.039

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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