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万見
- PDB-1hip: TWO-ANGSTROM CRYSTAL STRUCTURE OF OXIDIZED CHROMATIUM HIGH POTENT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hip
タイトルTWO-ANGSTROM CRYSTAL STRUCTURE OF OXIDIZED CHROMATIUM HIGH POTENTIAL IRON PROTEIN
要素HIGH POTENTIAL IRON PROTEIN
キーワードELECTRON TRANSFER (IRON-SULFUR PROTEIN)
機能・相同性
機能・相同性情報


aerobic electron transport chain / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
High potential iron-sulphur protein / High-Potential Iron-Sulfur Protein; Chain A / High potential iron-sulfur protein / High potential iron-sulphur protein / High potential iron-sulphur protein superfamily / High potential iron-sulfur proteins family profile. / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / High-potential iron-sulfur protein
類似検索 - 構成要素
生物種Allochromatium vinosum (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Carterjunior, C.W. / Kraut, J. / Freer, S.T. / Xuong, N.-H. / Alden, R.A. / Bartsch, R.G.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1974
タイトル: Two-Angstrom crystal structure of oxidized Chromatium high potential iron protein.
著者: Carter Jr., C.W. / Kraut, J. / Freer, S.T. / Xuong, N.H. / Alden, R.A. / Bartsch, R.G.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1975
タイトル: Crystallographic Structure Refinement of Chromatium High Potential Iron Protein at Two Angstroms Resolution
著者: Freer, S.T. / Alden, R.A. / Carterjunior, C.W. / Kraut, J.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1974
タイトル: Comparison of Oxidation-Reduction Site Geometries in Oxidized and Reduced Chromatium High Potential Iron Protein and Oxidized Peptococcus Aerogenes Ferredoxin
著者: Carterjunior, C.W. / Kraut, J. / Freer, S.T. / Alden, R.A.
#3: ジャーナル: Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol. / 年: 1972
タイトル: Structure of the Iron-Sulfur Cluster in the Chromatium Iron Protein at 2.25 Angstroms Resolution
著者: Carterjunior, C.W. / Freer, S.T. / Xuong, N.H. / Alden, R.A. / Kraut, J.
#4: ジャーナル: Atlas of Macromolecular Structure on Microfiche
年: 1976
#5: ジャーナル: Atlas of Protein Sequence and Structure,Supplement 2
年: 1976
履歴
登録1975年4月1日処理サイト: BNL
改定 1.01976年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIGH POTENTIAL IRON PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2652
ポリマ－8,9131
非ポリマー3521
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.700, 41.860, 38.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HIGH POTENTIAL IRON PROTEIN


分子量: 8912.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Allochromatium vinosum (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: P00260
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.54 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 30 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.9 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
110 mg/mlprotein11
20.1 M11NaOH
30.67 ammonium sulfate11saturated

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Num. measured all: 4918

-
解析

精密化最高解像度: 2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数617 0 8 75 700
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.24
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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