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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hi8 | ||||||
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タイトル | RNA dependent RNA polymerase from dsRNA bacteriophage phi6 | ||||||
要素 | P2 PROTEIN | ||||||
キーワード | RNA POLYMERASE / VIRAL POLYMERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA uridylyltransferase activity / virion component / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / nucleotide binding / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | BACTERIOPHAGE PHI-6 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Grimes, J.M. / Butcher, S.J. / Makeyev, E.V. / Bamford, D.H. / Stuart, D.I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2001 タイトル: A Mechanism for Initiating RNA-Dependent RNA Polymerization 著者: Butcher, S.J. / Grimes, J.M. / Makeyev, E.V. / Bamford, D.H. / Stuart, D.I. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Crystallographic Studies on the Bacteriophage Phi6 RNA-Dependent RNA Polymerase 著者: Butcher, S.J. / Makeyev, E.V. / Grimes, J.M. / Stuart, D.I. / Bamford, D.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hi8.cif.gz | 265.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hi8.ent.gz | 225.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hi8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1hi8_validation.pdf.gz | 449.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1hi8_full_validation.pdf.gz | 515.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1hi8_validation.xml.gz | 52.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1hi8_validation.cif.gz | 70.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/1hi8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/1hi8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.86511, -0.4974, -0.06462), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 76075.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACTERIOPHAGE PHI-6 (ファージ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P11124 #2: 化合物 | 構成要素の詳細 | P2 IS ONE OF THE 4 STRUCTURAL PROTEINS OF THE POLYHEDRAL PROCAPSID. IT IS RESPONSIBLE FOR GENOMIC ...P2 IS ONE OF THE 4 STRUCTURAL | 配列の詳細 | ERROR IN RESIDUE 456 IN SWISS PROT THE RESIDUE IS MET | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.7 詳細: 1:1 PROTEIN(5MG/ML):WELL WELL SOLUTION: 10% PEG 8000, 0.1M MES, 2 MM MNCL2, pH 6.70 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Butcher, S.J., (2000) Acta Crystallogr.,Sect.D, 56, 1473. | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97923, 0.97939, 0.99988, 0.92873 | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: SBC / 検出器: CCD / 日付: 1999年9月15日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 66000 / % possible obs: 88 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 17.2 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 15 | |||||||||||||||
反射 | *PLUS Num. measured all: 430000 | |||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 66 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→50 Å / Data cutoff high absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 80 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45 Å2
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Refine analyze | Luzzati d res low obs: 50 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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