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万見
- PDB-1hi7: NMR SOLUTION STRUCTURE OF THE DISULPHIDE-LINKED HOMODIMER OF HUMA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hi7
タイトルNMR SOLUTION STRUCTURE OF THE DISULPHIDE-LINKED HOMODIMER OF HUMAN TFF1, 10 STRUCTURES
要素PS2 PROTEIN
キーワードGROWTH FACTOR / CELL MOTILITY / TUMOR SUPPRESSOR / TREFOIL DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of gastrointestinal epithelium / response to iron ion / response to immobilization stress / growth factor activity / response to peptide hormone / Estrogen-dependent gene expression / cell population proliferation / carbohydrate metabolic process / cell differentiation / negative regulation of cell population proliferation ...maintenance of gastrointestinal epithelium / response to iron ion / response to immobilization stress / growth factor activity / response to peptide hormone / Estrogen-dependent gene expression / cell population proliferation / carbohydrate metabolic process / cell differentiation / negative regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
P-type trefoil, chordata / Spasmolytic Protein, domain 1 / Spasmolytic Protein; domain 1 / P-type trefoil, conserved site / P-type 'Trefoil' domain signature. / Trefoil (P-type) domain / P-type trefoil domain / P-type trefoil domain superfamily / P-type 'Trefoil' domain profile. / P or trefoil or TFF domain ...P-type trefoil, chordata / Spasmolytic Protein, domain 1 / Spasmolytic Protein; domain 1 / P-type trefoil, conserved site / P-type 'Trefoil' domain signature. / Trefoil (P-type) domain / P-type trefoil domain / P-type trefoil domain superfamily / P-type 'Trefoil' domain profile. / P or trefoil or TFF domain / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Williams, M.A. / Feeney, J.
引用
ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2001
タイトル: The Solution Structure of the Disulphide-Linked Dimeric of the Human Trefoil Protein Tff1
著者: Williams, M.A. / Westley, B.R. / May, F.E. / Feeney, J.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: High-Resolution Solution Structure of Human Pnr-2/ Ps2: A Single Trefoil Motif Protein
著者: Polshakov, V.I. / Williams, M.A. / Gargaro, A.R. / Frenkiel, T.A. / Westley, B.R. / Chadwick, M.P. / May, F.E.B. / Feeney, J.
#2: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 1997
タイトル: Homodimerization and Hetero_Oligomerization of the Single Domain Trefoil Protein Pnr-2/Ps2 Through Cysteine 58
著者: Chadwick, M.P. / May, F.E.B. / Westley, B.R.
#3: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 1995
タイトル: Production and Comparison of Mature Single-Domain 'Trefoil' Peptides Pnr-2/Ps2 Cys58 and Pnr-2/Ps2 Ser58
著者: Chadwick, M.P. / May, F.E.B. / Westley, B.R.
#4: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1995
タイトル: NMR-Based Structural Studies of the Pnr-2/Ps2 Single Domain Trefoil Peptide. Similarities to Porcine Spasmolytic Peptide and Evidence for a Monomeric Structure
著者: Polshakov, V.I. / Frenkiel, T.A. / Westley, B. / Chadwick, M. / May, F. / Carr, M.D. / Feeney, J.
履歴
登録2001年1月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年6月14日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_nmr_representative / Item: _pdbx_nmr_representative.conformer_id
改定 1.42019年4月10日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PS2 PROTEIN
B: PS2 PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3572
ポリマ－13,3572
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 11TOTAL NOE CONSTRAINT VIOLATIONS < 1.0 A
代表モデルモデル #6

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要素

#1: タンパク質 PS2 PROTEIN / PNR-2 / PS2 / TFF1 / BREAST CANCER ESTROGEN INDUCIBLE PROTEIN / TREFOIL FACTOR FAMILY 1 PROTEIN


分子量: 6678.365 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DISULPHIDE LINK BETWEEN C58 OF BOTH SUBUNITS / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: EPITHELIAL / Cell: MCF-7, UACL / 細胞内の位置: EXTRACELLULAR / 遺伝子: TFF1 / 器官: BREAST, STOMACH / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): TFF1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI HB101 (大腸菌) / 参照: UniProt: P04155
配列の詳細1PS2 SWS P04155 1 - 24 NOT IN ATOMS LIST

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112-D 1H-1H HOMONUCLEAR TOCSY
121ROESY
131NOESY
1411H/15N HSQC
151HSQC-NOESY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TWO AND THREE DIMENSIONAL NMR EXPERIMENTS ON, RESPECTIVELY, UNLABELLED AND N-15 LABELLED TFF1 DIMER PROTEIN. MANY ASSIGN WERE MADE BY MAKING USE IF THE BETTER ...Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TWO AND THREE DIMENSIONAL NMR EXPERIMENTS ON, RESPECTIVELY, UNLABELLED AND N-15 LABELLED TFF1 DIMER PROTEIN. MANY ASSIGN WERE MADE BY MAKING USE IF THE BETTER RESOLVED MONOMER SPECTRA (POLSHAKOV ET AL. 1995,1997)

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試料調製

試料状態イオン強度: 0.01 / pH: 5.9 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYVarianUNITY5001
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1BRUNGER精密化
CNS1構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: TOTAL NOE CONSTRAINT VIOLATIONS < 1.0 A
計算したコンフォーマーの数: 11 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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