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万見
- PDB-1hi1: RNA dependent RNA polymerase from dsRNA bacteriophage phi6 plus b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hi1
タイトルRNA dependent RNA polymerase from dsRNA bacteriophage phi6 plus bound NTP
要素P2 PROTEIN
キーワードRNA POLYMERASE / VIRAL POLYMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA uridylyltransferase activity / virion component / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phage p2 RNA dependent RNA polymerase domain / Alpha-Beta Plaits - #1600 / Dihydrolipoamide Transferase / Dihydrolipoamide Transferase - #10 / Cystovirus, RNA-directed RNA polymerase, N-terminal / Cystovirus, RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, bacteriophage, catalytic domain / RdRp of RNA-containing bacteriophages catalytic domain profile. / Other non-globular / Globin-like ...Phage p2 RNA dependent RNA polymerase domain / Alpha-Beta Plaits - #1600 / Dihydrolipoamide Transferase / Dihydrolipoamide Transferase - #10 / Cystovirus, RNA-directed RNA polymerase, N-terminal / Cystovirus, RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, bacteriophage, catalytic domain / RdRp of RNA-containing bacteriophages catalytic domain profile. / Other non-globular / Globin-like / Special / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / RNA-directed RNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種BACTERIOPHAGE PHI-6 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Grimes, J.M. / Butcher, S.J. / Makeyev, E.V. / Bamford, D.H. / Stuart, D.I.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2001
タイトル: A Mechanism for Initiating RNA-Dependent RNA Polymerization
著者: Butcher, S.J. / Grimes, J.M. / Makeyev, E.V. / Bamford, D.H. / Stuart, D.I.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Crystallographic Studies on the Bacteriophage Phi6 RNA-Dependent RNA Polymerase
著者: Butcher, S.J. / Makeyev, E.V. / Grimes, J.M. / Stuart, D.I. / Bamford, D.H.
履歴
登録2001年1月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年3月11日Group: Advisory / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P2 PROTEIN
B: P2 PROTEIN
C: P2 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,2316
ポリマ－224,7103
非ポリマー1,5223
水00
1
A: P2 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,4102
ポリマ－74,9031
非ポリマー5071
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: P2 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,4102
ポリマ－74,9031
非ポリマー5071
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: P2 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,4102
ポリマ－74,9031
非ポリマー5071
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)105.650, 92.700, 140.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.13126, -0.71897, -0.68254), (-0.78577, -0.49523, 0.37056), (-0.60443, 0.48768, -0.62994)76.8858, 17.2982, 79.5172
2given(-0.16238, -0.7568, 0.63316), (0.77565, -0.49453, -0.39217), (0.60991, 0.42743, 0.66731)-59.1917, 6.5458, -28.1681

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要素

#1: タンパク質 P2 PROTEIN / RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE


分子量: 74903.203 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACTERIOPHAGE PHI-6 (ファージ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P11124
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
構成要素の詳細P2 IS ONE OF THE 4 STRUCTURAL PROTEINS OF THE POLYHEDRAL PROCAPSID. IT IS RESPONSIBLE FOR GENOMIC ...P2 IS ONE OF THE 4 STRUCTURAL PROTEINS OF THE POLYHEDRAL PROCAPSID. IT IS RESPONSIBLE FOR GENOMIC REPLICATION AND TRANSCRIPTION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化pH: 6.7
詳細: 1:1 PROTEIN(5MG/ML)+TEMPLATE WELL SOLUTION: 10% PEG 8000, 0.1M MES, 2 MM MNCL2, pH 6.70
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Butcher, S.J., (2000) Acta Crystallogr.,Sect.D, 56, 1473.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein1drop
210 %PEG80001reservoir
30.1 MMEs1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9793
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 52305 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 9

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY TBA

最高解像度: 3 Å
詳細: ELECTRON DENSITY MAPS FOR 3 DATA SETS WERE FIRST INTERNALLY 3-FOLD AVERAGED AND THEN 3-FOLD CROSS-CRYSTAL AVERAGING CARRIED OUT BETWEEN THEM. THE MODEL WAS THEN BUILT INTO THIS FINAL 9-FOLD ...詳細: ELECTRON DENSITY MAPS FOR 3 DATA SETS WERE FIRST INTERNALLY 3-FOLD AVERAGED AND THEN 3-FOLD CROSS-CRYSTAL AVERAGING CARRIED OUT BETWEEN THEM. THE MODEL WAS THEN BUILT INTO THIS FINAL 9-FOLD AVERAGED MAP. ONLY THE TRI-PHOSPHATE IS ORDERED IN THE NTP. THE PROTEIN MODEL WAS RIGID BODY REFINED AGAINST THE DATA SETS AND INITIAL PHASES CALCULATED FROM THIS PROTEIN MODEL THS COMPLEX IS OF THE RNA DEPENDENT RNA POLYMERASE WITH BOUND NTP. THREE DATA SETS WERE COLLECTED FROM THREE DIFFERENT NTP SOAKED CRYSTALS, AND PHASES CALCULATED FROM THE RIGID BODY REFINED MODEL OF THE 3 NON- CRYSTALLOGRAPHICALLY RELATED PROTEIN MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT. MAPS CALCULATED USING THESE PHASES WERE THEN INTERNALLY 3-FOLD AVERAGED. THE 3 MAPS WERE THEMSELVES AVERAGED TOGETHER TO PRODUCE A MAP IN WHICH CLEAR DENSITY FOR THE ORDERED TRI-PHOSPHATE WAS OBSERVED. THE MODEL FOR ATP WAS BUILT INTO THIS MAP, ALTHOUGH ONLY THE TRI-PHOSPHATE POSTION IS UNAMBIGUOUS. TO REFLECT THIS THE BFACTORS FOR THE TRI- PHOSPHATES ARE SET TO 20 AND THE REST OF THE ATOMS OF THE ATP MOLECULE SET TO 999
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15795 0 93 0 15888
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 50000 / Num. reflection Rfree: 3000 / Rfactor Rwork: 0.26
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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