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- PDB-1hi0: RNA dependent RNA polymerase from dsRNA bacteriophage phi6 plus i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hi0
タイトルRNA dependent RNA polymerase from dsRNA bacteriophage phi6 plus initiation complex
要素
  • DNA (5'-(*TP*TP*TP*CP*C)-3')
  • P2 PROTEIN
キーワードRNA POLYMERASE / VIRAL POLYMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA uridylyltransferase activity / virion component / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / nucleotide binding / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phage p2 RNA dependent RNA polymerase domain / Alpha-Beta Plaits - #1600 / Dihydrolipoamide Transferase / Dihydrolipoamide Transferase - #10 / Cystovirus, RNA-directed RNA polymerase, N-terminal / Cystovirus, RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, bacteriophage, catalytic domain / RdRp of RNA-containing bacteriophages catalytic domain profile. / Other non-globular / Globin-like ...Phage p2 RNA dependent RNA polymerase domain / Alpha-Beta Plaits - #1600 / Dihydrolipoamide Transferase / Dihydrolipoamide Transferase - #10 / Cystovirus, RNA-directed RNA polymerase, N-terminal / Cystovirus, RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, bacteriophage, catalytic domain / RdRp of RNA-containing bacteriophages catalytic domain profile. / Other non-globular / Globin-like / Special / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / DNA / RNA-directed RNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種BACTERIOPHAGE PHI-6 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Grimes, J.M. / Butcher, S.J. / Makeyev, E.V. / Bamford, D.H. / Stuart, D.I.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2001
タイトル: A Mechanism for Initiating RNA-Dependent RNA Polymerization
著者: Butcher, S.J. / Grimes, J.M. / Makeyev, E.V. / Bamford, D.H. / Stuart, D.I.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Crystallographic Studies on the Bacteriophage Phi6 RNA-Dependent RNA Polymerase
著者: Butcher, S.J. / Makeyev, E.V. / Grimes, J.M. / Stuart, D.I. / Bamford, D.H.
履歴
登録2000年12月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: DNA (5'-(*TP*TP*TP*CP*C)-3')
E: DNA (5'-(*TP*TP*TP*CP*C)-3')
F: DNA (5'-(*TP*TP*TP*CP*C)-3')
P: P2 PROTEIN
Q: P2 PROTEIN
R: P2 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,49721
ポリマ－229,0486
非ポリマー3,45015
水00
1
D: DNA (5'-(*TP*TP*TP*CP*C)-3')
P: P2 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,4997
ポリマ－76,3492
非ポリマー1,1505
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
E: DNA (5'-(*TP*TP*TP*CP*C)-3')
Q: P2 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,4997
ポリマ－76,3492
非ポリマー1,1505
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
F: DNA (5'-(*TP*TP*TP*CP*C)-3')
R: P2 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,4997
ポリマ－76,3492
非ポリマー1,1505
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)105.650, 92.700, 140.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.13068, -0.71596, -0.6858), (-0.78865, -0.49425, 0.36571), (-0.60079, 0.49307, -0.62924)77.14216, 17.38792, 79.71372
2given(-0.166, -0.75531, 0.634), (0.78019, -0.4938, -0.38401), (0.60312, 0.43089, 0.67125)-59.1678, 6.30318, -28.45492
詳細THE PROTEIN IS ACTIVE AS A MONOMER

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-(*TP*TP*TP*CP*C)-3')


分子量: 1445.985 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 5 NUCLEOTIDE DNA VERSION OF OPTIMUM RNA TEMPLATE
#2: タンパク質 P2 PROTEIN / RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE


分子量: 74903.203 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACTERIOPHAGE PHI-6 (ファージ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P11124
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
構成要素の詳細P2 IS ONE OF THE 4 STRUCTURAL PROTEINS OF THE POLYHEDRAL PROCAPSID. IT IS RESPONSIBLE FOR GENOMIC ...P2 IS ONE OF THE 4 STRUCTURAL PROTEINS OF THE POLYHEDRAL PROCAPSID. IT IS RESPONSIBLE FOR GENOMIC REPLICATION AND TRANSCRIPTION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化pH: 6.7
詳細: 1:1 PROTEIN(5MG/ML)+TEMPLATE WELL SOLUTION: 10% PEG 8000, 0.1M MES, 2 MM MNCL2, pH 6.70
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Butcher, S.J., (2000) Acta Crystallogr.,Sect.D, 56, 1473.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein1drop
210 %PEG80001reservoir
30.1 MMES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9724
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月15日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. obs: 56000 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.96 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 86
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 86 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY TBA

解像度: 3→20 Å / Data cutoff high absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 2711 5 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.214 53533 100 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 23 Å2 / ksol: 0.322 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.811 Å20 Å21.647 Å2
2---21.031 Å20 Å2
3---18.222 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 20 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15795 225 201 0 16221
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.010659
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.51056
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.0613
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.8784
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it7.3084
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.9475
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4GTP_XPLOR_PAR.TXT
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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