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- PDB-1hfo: The Structure of the Macrophage Migration Inhibitory Factor from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hfo
タイトルThe Structure of the Macrophage Migration Inhibitory Factor from Trichinella Spiralis.
要素MIGRATION INHIBITORY FACTOR
キーワードTAUTOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / phenylpyruvate tautomerase activity / cytokine activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Macrophage migration inhibitory factor / Macrophage migration inhibitory factor (MIF) / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Macrophage migration inhibitory factor homolog / Macrophage migration inhibitory factor homolog
類似検索 - 構成要素
生物種TRICHINELLA SPIRALIS (せんもうちゅう)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Roe, S.M. / Meyer, D.J.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2001
タイトル: Macrophage Migration Inhibitory Factor of the Parasitic Nematode Trichinella Spiralis
著者: Tan, T.H. / Edgerton, S.A. / Kumari, R. / Mcalister, M.S. / Rowe, S.M. / Nagl, S. / Pearl, L.H. / Selkirk, M.E. / Bianco, A.E. / Totty, N.F. / Engwerda, C. / Gray, C.A. / Meyer, D.J.
履歴
登録2000年12月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年4月10日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MIGRATION INHIBITORY FACTOR
B: MIGRATION INHIBITORY FACTOR
C: MIGRATION INHIBITORY FACTOR
D: MIGRATION INHIBITORY FACTOR
E: MIGRATION INHIBITORY FACTOR
F: MIGRATION INHIBITORY FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,0606
ポリマ－73,0606
非ポリマー00
水18,5911032
1
A: MIGRATION INHIBITORY FACTOR
B: MIGRATION INHIBITORY FACTOR
C: MIGRATION INHIBITORY FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5303
ポリマ－36,5303
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6940 Å2
ΔGint-44.8 kcal/mol
Surface area15970 Å2
手法PQS
2
D: MIGRATION INHIBITORY FACTOR
E: MIGRATION INHIBITORY FACTOR
F: MIGRATION INHIBITORY FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5303
ポリマ－36,5303
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7840 Å2
ΔGint-47.1 kcal/mol
Surface area15350 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)110.128, 88.344, 86.355
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 131.13, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細BIOLOGICAL_UNIT: HOMOTRIMER

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要素

#1: タンパク質
MIGRATION INHIBITORY FACTOR


分子量: 12176.610 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) TRICHINELLA SPIRALIS (せんもうちゅう)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q9Y063, UniProt: P81529*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1032 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細MASS SPEC ANALYSIS AND THE CRYSTAL STRUCTURE (AT 1.65A) UNAMBIGUOSLY IDENTIFY RESIDUE 85 AS A THR.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.5 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: CRYSTALS GROWN BY HANGING DROP METHOD. WELL CONTAINED 400-600 AMMONIUM ACETATE, 30-36% PEG4K, 100MM SODIUM ACETATE PH4.6. DROP CONTAINED 1:1 MIX OF WELL AND 16.5MG/ML TSMIF IN MINIMAL BUFFER., pH 4.60
結晶化
*PLUS
手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
116.5 mg/mlprotein11
2400-600 mMammonium acetate11
330-36 %PEG400011
4100 mMsodium acetate11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.93
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→28 Å / Num. obs: 72915 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 26.9 Å2 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 3.6
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.281 / % possible all: 97.6
反射
*PLUS
最低解像度: 28 Å / Num. measured all: 163895 / Rmerge(I) obs: 0.057
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.6 % / Num. unique obs: 7060 / Num. measured obs: 16174 / Rmerge(I) obs: 0.281

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MIF

1mif


解像度: 1.65→28.33 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1356759.35 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: NCS USED INITIALLY, BUT REMOVED IN FINAL STAGES. THERE IS A LARGE AREA OF UNMODELLED ELECTRON DENSITY AT THE N-TERMINUS OF EACH CHAIN. IT IS UNKNOWN WHAT THIS MAY BE, AND IS ASSUMED TO HAVE ...詳細: NCS USED INITIALLY, BUT REMOVED IN FINAL STAGES. THERE IS A LARGE AREA OF UNMODELLED ELECTRON DENSITY AT THE N-TERMINUS OF EACH CHAIN. IT IS UNKNOWN WHAT THIS MAY BE, AND IS ASSUMED TO HAVE COPURIFIED WITH THE PROTEIN. IT SITS AT THE SITE OF TAUTOMERASE ACTIVITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 3687 5.1 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs0.225 72854 97.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 67.3598 Å2 / ksol: 0.309311 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.19 Å20 Å2-1.43 Å2
2--0.37 Å20 Å2
3---2.82 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→28.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5134 0 0 1032 6166
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.121.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.742
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.792
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.12.5
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 607 5.1 %
Rwork0.31 11346 -
obs--96.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.78
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.31

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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