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- PDB-1hf9: C-Terminal Coiled-Coil Domain from Bovine IF1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hf9
タイトルC-Terminal Coiled-Coil Domain from Bovine IF1
要素ATPASE INHIBITOR (MITOCHONDRIAL)
キーワードATPASE INHIBITOR / F1 ATPASE INHIBITOR / MITOCHONDRION / TRANSIT PEPTIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mitochondrial ATP synthesis coupled proton transport / angiostatin binding / ATPase inhibitor activity / negative regulation of hydrolase activity / heme biosynthetic process / negative regulation of endothelial cell proliferation / erythrocyte differentiation / ATPase binding / protein homotetramerization / calmodulin binding ...negative regulation of mitochondrial ATP synthesis coupled proton transport / angiostatin binding / ATPase inhibitor activity / negative regulation of hydrolase activity / heme biosynthetic process / negative regulation of endothelial cell proliferation / erythrocyte differentiation / ATPase binding / protein homotetramerization / calmodulin binding / structural molecule activity / cell surface / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Single helix bin / Mitochondrial ATPase inhibitor / Mitochondrial ATPase inhibitor, IATP / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ATPase inhibitor, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種BOS TAURUS (ウシ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Gordon-Smith, D.J. / Carbajo, R.J. / Yang, J.-C. / Videler, H. / Runswick, M.J. / Walker, J.E. / Neuhaus, D.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2001
タイトル: Solution structure of a C-terminal coiled-coil domain from bovine IF(1): the inhibitor protein of F(1) ATPase.
著者: Gordon-Smith, D.J. / Carbajo, R.J. / Yang, J.C. / Videler, H. / Runswick, M.J. / Walker, J.E. / Neuhaus, D.
履歴
登録2000年11月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42020年1月15日Group: Data collection / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATPASE INHIBITOR (MITOCHONDRIAL)
B: ATPASE INHIBITOR (MITOCHONDRIAL)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9992
ポリマ－9,9992
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)35 / 50LOWEST ENERGIES
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ATPASE INHIBITOR (MITOCHONDRIAL) / IF1


分子量: 4999.617 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN (44-84) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRIA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: P01096

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

試料状態pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 300 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMXBrukerAMX5001
Bruker DRXBrukerDRX5002
Bruker DMXBrukerDMX6003
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
XwinNMRXWINNMR構造決定
Felix構造決定
Sparky構造決定
Insight構造決定
X-PLOR構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGIES / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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