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万見
- PDB-1hdm: HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN HLA-DM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hdm
タイトルHISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN HLA-DM
要素
  • PROTEIN (CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, M ALPHA CHAIN)
  • PROTEIN (CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, M BETA CHAIN)
キーワードIMMUNE SYSTEM / HISTOCOMPATIBILITY PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


MHC class II protein complex assembly / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / positive regulation of T cell proliferation / MHC class II antigen presentation / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / positive regulation of T cell activation ...MHC class II protein complex assembly / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / positive regulation of T cell proliferation / MHC class II antigen presentation / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / adaptive immune response / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / cell surface / membrane
類似検索 - 分子機能
Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class II histocompatibility antigen, DM alpha chain / HLA class II histocompatibility antigen, DM beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wiley, D.C. / Mosyak, L.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 1998
タイトル: The structure of HLA-DM, the peptide exchange catalyst that loads antigen onto class II MHC molecules during antigen presentation.
著者: Mosyak, L. / Zaller, D.M. / Wiley, D.C.
履歴
登録1998年9月9日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, M ALPHA CHAIN)
B: PROTEIN (CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, M BETA CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4642
ポリマ－44,4642
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5300 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area18330 Å2
手法PISA
2
A: PROTEIN (CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, M ALPHA CHAIN)
B: PROTEIN (CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, M BETA CHAIN)

A: PROTEIN (CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, M ALPHA CHAIN)
B: PROTEIN (CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, M BETA CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,9284
ポリマ－88,9284
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area14740 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area32510 Å2
手法PISA
3
A: PROTEIN (CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, M ALPHA CHAIN)
B: PROTEIN (CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, M BETA CHAIN)

A: PROTEIN (CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, M ALPHA CHAIN)
B: PROTEIN (CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, M BETA CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,9284
ポリマ－88,9284
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area12710 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area34530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.390, 109.930, 105.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN (CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, M ALPHA CHAIN) / RING6 / HLA-DMA


分子量: 22855.598 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAINS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: DROSOPHILA S2 INSECT CELLS / Cell: B-LYMPHOCYTE
発現宿主: Drosophila hydei (カスリショウジョウバエ)
参照: UniProt: P28067
#2: タンパク質 PROTEIN (CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, M BETA CHAIN) / RING7 / HLA-DMB


分子量: 21608.482 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAINS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: DROSOPHILA S2 INSECT CELLS / Cell: B-LYMPHOCYTE
発現宿主: Drosophila hydei (カスリショウジョウバエ)
参照: UniProt: P28068
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.28 %
結晶化pH: 5.4 / 詳細: pH 5.4
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 8 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mg/mlprotein11
210 mMTris11
31 M12Li2SO4
40.5 Mammonium sulfate12
50.1 Msodium citrate12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年1月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→34 Å / Num. obs: 18729 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 40.7 Å2 / Rsym value: 0.55 / Net I/σ(I): 27.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.57 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / Rsym value: 0.21 / % possible all: 96.3
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.055
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.3 % / 冗長度: 7 % / Num. unique obs: 1837 / Rmerge(I) obs: 0.213

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.8精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DLH

1dlh


解像度: 2.5→34 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL WAS USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 1842 9.8 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.197 18727 96.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 32.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2927 0 0 0 2927
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.69
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 299 9.7 %
Rwork0.31 2795 -
obs--97.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM3.CHOTOPH3.CHO
X-RAY DIFFRACTION3TOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 9.8 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 32.4 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.69
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Rfactor Rfree: 0.354 / % reflection Rfree: 9.7 % / Rfactor Rwork: 0.31

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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