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万見
- PDB-1hdh: Arylsulfatase from Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hdh
タイトルArylsulfatase from Pseudomonas aeruginosa
要素Arylsulfatase
キーワードHYDROLASE / SULFATASE / FORMYLGLYCINE HYDRATE
機能・相同性
機能・相同性情報


arylsulfatase (type I) / arylsulfatase activity / phosphoric diester hydrolase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arylsulfatase, C-terminal domain - #10 / : / Sulfatases signature 2. / Sulfatases signature 1. / Sulfatase, conserved site / Arylsulfatase, C-terminal domain / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A ...Arylsulfatase, C-terminal domain - #10 / : / Sulfatases signature 2. / Sulfatases signature 1. / Sulfatase, conserved site / Arylsulfatase, C-terminal domain / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Boltes, I. / Czapinska, H. / Kahnert, A. / von Buelow, R. / Dirks, T. / Schmidt, B. / von Figura, K. / Kertesz, M.A. / Uson, I.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: 1.3 A Structure of Arylsulfatase from Pseudomonas Aeruginosa Establishes the Catalytic Mechanism of Sulfate Ester Cleavage in the Sulfatase Family.
著者: Boltes, I. / Czapinska, H. / Kahnert, A. / von Buelow, R. / Dirks, T. / Schmidt, B. / von Figura, K. / Kertesz, M.A. / Uson, I.
履歴
登録2000年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年6月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / diffrn_source / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_struct_mod_residue / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _audit_author.name / _citation.page_last ..._audit_author.name / _citation.page_last / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_struct_mod_residue.details / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 2.02019年4月24日Group: Data collection / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp
改定 2.22019年5月22日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 2.32019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.42019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.52024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arylsulfatase
B: Arylsulfatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,88812
ポリマ－120,0392
非ポリマー84910
水14,592810
1
A: Arylsulfatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4446
ポリマ－60,0201
非ポリマー4245
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: Arylsulfatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4446
ポリマ－60,0201
非ポリマー4245
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)188.920, 67.290, 89.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.20, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.98902, -0.00177, -0.14774), (0.00126, -0.99999, 0.00354), (-0.14775, 0.00331, 0.98902)
ベクター: 94.03252, 36.73586, 6.897)

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要素

#1: タンパク質 Arylsulfatase / AS / Aryl-sulfate sulphohydrolase


分子量: 60019.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: atsA, PA0183 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P51691, arylsulfatase (type I)
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 810 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: PROTEIN SOLUTION: 11MG/ML IN 20 MM TRIS-HCL PH 7.5 + EQUAL VOLUME OF PRECIPITANT: 100 MM MES PH 6.3, 200 MM AMMONIUM SULFATE, 20% (W/V) PEG MONOMETHYLETHER 5000; HANGING DROP, 20 C
結晶化
*PLUS
温度: 18-22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
111 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1droppH7.5
3100 mMMES1reservoirpH6.3
4200 mMammonium sulfate1reservoir
522 %(w/v)PEG5000 MME1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.91
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年8月15日 / 詳細: BENT CRYSTAL
放射モノクロメーター: GE SINGLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→20 Å / Num. obs: 255817 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.3→1.4 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.259 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 81.5
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rmerge(I) obs: 0.085
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 81.5 % / Rmerge(I) obs: 0.337

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
直接法位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.3→20 Å / Num. parameters: 36198 / Num. restraintsaints: 46182 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / StereochEM target val spec case: CSD FOR DDZ 51 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2285 12843 5 %5%
all0.1996 255817 --
obs0.1987 -93.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
Refine analyzeNum. disordered residues: 17 / Occupancy sum hydrogen: 7763.36 / Occupancy sum non hydrogen: 8989.8
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8155 0 42 810 9007
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.026
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.033
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0294
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.059
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.059
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.017
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.038
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.1894 / Rfactor Rfree: 0.2179 / Rfactor Rwork: 0.1885
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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