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- PDB-1hdc: MECHANISM OF INHIBITION OF 3ALPHA,20BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hdc
タイトルMECHANISM OF INHIBITION OF 3ALPHA,20BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE BY A LICORICE-DERIVED STEROIDAL INHIBITOR
要素3-ALPHA, 20 BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


C21-steroid hormone metabolic process / 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase / androstan-3-alpha,17-beta-diol dehydrogenase (NAD+) activity
類似検索 - 分子機能
short chain dehydrogenase / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBENOXOLONE / 3-alpha-(or 20-beta)-hydroxysteroid dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces exfoliatus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ghosh, D.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1994
タイトル: Mechanism of inhibition of 3 alpha, 20 beta-hydroxysteroid dehydrogenase by a licorice-derived steroidal inhibitor.
著者: Ghosh, D. / Erman, M. / Wawrzak, Z. / Duax, W.L. / Pangborn, W.
#1: ジャーナル: J.Steroid Biochem.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Inhibition of Streptomyces Hydrogenans 3Alpha,20Beta-Hydroxysteroid Dehydrogenase by Licorice-Derived Compounds and Crystallization of an Enzyme-Cofactor-Inhibitor Complex
著者: Ghosh, D. / Erman, M. / Pangborn, W. / Duax, W.L. / Baker, M.E.
履歴
登録1994年10月21日処理サイト: BNL
改定 1.01995年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-ALPHA, 20 BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
B: 3-ALPHA, 20 BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
C: 3-ALPHA, 20 BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
D: 3-ALPHA, 20 BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,8468
ポリマ－105,5634
非ポリマー2,2834
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20300 Å2
ΔGint-147 kcal/mol
Surface area29710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.050, 60.040, 59.840
Angle α, β, γ (deg.)101.78, 104.41, 96.31
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
3-ALPHA, 20 BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE


分子量: 26390.695 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces exfoliatus (バクテリア)
参照: UniProt: P19992, 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-CBO / CARBENOXOLONE / カルベノキソロン


分子量: 570.757 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H50O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.31 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.3 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: referred to J.Biol.Chem. 261.1306-1308 1986
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.40-1.60 Mphosphate1reservoir
213-15 mg/mlprotein1drop
30.7 Mphosphate1drop

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 51.08 Å / Num. obs: 34405 / % possible obs: 71 % / Num. measured all: 48972 / Rmerge F obs: 0.114
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.3 Å / % possible obs: 65 %

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解析

精密化Rfactor Rwork: 0.194 / 最高解像度: 2.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7368 0 164 26 7558
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it
精密化
*PLUS
最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 30996 / Rfactor Rwork: 0.194
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 19.8 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d1.8
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d24.9
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_deg1.65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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