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万見
- PDB-1hd6: PHEROMONE ER-22, NMR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hd6
タイトルPHEROMONE ER-22, NMR
要素PHEROMONE ER-22
キーワードPHEROMONE
機能・相同性Protozoan pheromone superfamily / Pheromone, protozoan / Euplotes raikovi mating pheromone / pheromone activity / extracellular region / Mating pheromone Er-22
機能・相同性情報
生物種EUPLOTES RAIKOVI (真核生物)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, RESTRAINED ENERGY REFINEMENT
データ登録者Luginbuhl, P. / Liu, A. / Zerbe, O. / Ortenzi, C. / Luporini, P. / Wuthrich, K.
引用ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2001
タイトル: NMR Structure of the Pheromone Er-22 from Euplotes Raikovi
著者: Liu, A. / Luginbuhl, P. / Zerbe, O. / Ortenzi, C. / Luporini, P. / Wuthrich, K.
履歴
登録2000年11月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHEROMONE ER-22


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,9401
ポリマ－3,9401
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50LOWEST RESIDUAL TARGET FUNCTION
代表モデルモデル #17

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要素

#1: タンパク質・ペプチド PHEROMONE ER-22


分子量: 3939.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) EUPLOTES RAIKOVI (真核生物) / 参照: UniProt: P58548*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112QF-COSY
121TOCSY
1312Q-SPECTRUM
141E.COSY
15113C-HSQC
161NOESY
NMR実験の詳細Text: REPRESENTATIVE CONFORMER HAS THE SMALLEST RMSD TO THE MEAN STRUCTURE UPON SUPERPOSITION OF THE BACKBONE ATOMS N, CA, AND C' OF RESIDUES 2-32.

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試料調製

試料状態pH: 5 / 圧: 1 atm / 温度: 296 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMXBrukerAMX6001
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS7502

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解析

NMR software
名称開発者分類
OPALLUGINBUHL,GUNTERT,BILLETER,WUTHRICH精密化
DIANA構造決定
OPAL構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, RESTRAINED ENERGY REFINEMENT / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE. THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE IN AQUEOUS SOLUTION REPRESENTED BY 20 CONFORMERS DETERMINED BY NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE, DISTANCE ...詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE. THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE IN AQUEOUS SOLUTION REPRESENTED BY 20 CONFORMERS DETERMINED BY NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE, DISTANCE GEOMETRY AND RESTRAINED ENERGY REFINEMENT. DATA WERE COLLECTED AT 23 DEGREES CELSIUS AND AT PH 5.0. THEY CONSIST OF 497 UPPER LIMITS ON DISTANCES OBTAINED FROM NOE MEASUREMENTS AND 41 ANGLE CONSTRAINTS OBTAINED FROM NOE MEASUREMENTS AND COUPLING CONSTANT MEASUREMENTS. THESE INPUT DATA ARE ALSO AVAILABLE FROM THE PROTEIN DATA BANK. DISTANCE GEOMETRY CALCULATIONS WERE PERFORMED WITH THE PROGRAM DIANA (P. GUENTERT, W. BRAUN, K. WUTHRICH, J. MOL. BIOL. (1991) VOL. 217, 517 - 530). FOR THE RESTRAINED ENERGY MINIMIZATION THE PROGRAM OPAL (P. LUGINBUHL ET AL., J. BIOMOL. NMR (1996) VOL. 8, 136-146) WAS USED. FOR THE PRESENT STRUCTURES THE NMR DISTANCE CONSTRAINTS WERE WEIGHTED SUCH THAT A VIOLATION OF AN UPPER DISTANCE LIMIT OF 0.1 ANGSTROM CORRESPONDS TO AN ENERGY OF KT/2. THE CONSTRAINTS ON DIHEDRAL ANGLES RESULTING FROM MEASUREMENTS OF VICINAL COUPLING CONSTANTS WERE WEIGHTED SUCH THAT A VIOLATION OF 2.5 DEGREES CORRESPONDS TO AN ENERGY OF KT/2. DEPOSITED COORDINATES ARE THOSE OF CONFORMERS 1 - 20 IN THE PAPER CITED ON *JRNL* RECORDS ABOVE. NO VIOLATIONS OF DISTANCE CONSTRAINTS FROM NOES EXCEED 0.10 ANGSTROMS, AND NO VIOLATIONS OF ANGLE CONSTRAINTS EXCEED 2.5 DEGREES. ATOM NAMES HAVE BEEN ASSIGNED FOLLOWING THE RECOMMENDATIONS OF THE IUPAC-IUB COMMISSION AS PUBLISHED IN BIOCHEMISTRY (1970) VOL. 8, 3471 - 3479. THE INDIVIDUAL NUMBERS OF THE HYDROGEN ATOMS IN METHYL AND METHYLENE GROUPS ARE INDICATED AS THE FIRST CHARACTER RATHER THAN THE LAST CHARACTER OF THE ATOM NAMES. THE AVERAGE OF THE RMSD VALUES IN A PAIRWISE COMPARISON OF THE 20 NMR CONFORMERS TO THE MEAN STRUCTURE AS DESCRIBED IN THE PAPER CITED ON * JRNL* RECORDS ABOVE IS 0.47 ANGSTROMS FOR THE BACKBONE ATOMS OF RESIDUES 1 - 37, AND 0.75 ANGSTROMS FOR ALL HEAVY ATOMS. EXCLUDING THE CARBOXY-TERMINUS AND THE AMINO-TERMINUS, WHICH ARE LESS WELL DEFINED BY THE NMR DATA, THE AVERAGE OF THE RMSD VALUES IN A PAIRWISE COMPARISON TO THE MEAN STRUCTURE FOR RESIDUES 2 - 32 IS 0.27 ANGSTROMS FOR THE BACKBONE ATOMS.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST RESIDUAL TARGET FUNCTION
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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