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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hcv | ||||||
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タイトル | LLAMA HEAVY CHAIN VARIABLE DOMAIN AGAINST ALPHA SUBUNIT OF HCG (HUMAN CHORIONIC GONADOTROPIN) | ||||||
![]() | IMMUNOGLOBULIN G | ||||||
![]() | IMMUNOGLOBULIN / CAMELIDS | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / : ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Spinelli, S. / Cambillau, C. / Tegoni, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of a llama heavy chain variable domain. 著者: Spinelli, S. / Frenken, L. / Bourgeois, D. / de Ron, L. / Bos, W. / Verrips, T. / Anguille, C. / Cambillau, C. / Tegoni, M. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of a Camel Single-Domain Vh Antibody Fragment in Complex with Lysozyme 著者: Desmyter, A. / Transue, T.R. / Ghahroudi, M.A. / Thi, M.H. / Poortmans, F. / Hamers, R. / Muyldermans, S. / Wyns, L. #2: ![]() タイトル: Redefining the Minimal Antigen-Binding Fragment 著者: Sheriff, S. / Constantine, K.L. #3: ![]() タイトル: Sequence and Structure of Vh Domain from Naturally Occurring Camel Heavy Chain Immunoglobulins Lacking Light Chains 著者: Muyldermans, S. / Atarhouch, T. / Saldanha, J. / Barbosa, J.A. / Hamers, R. #4: ![]() タイトル: Naturally Occurring Antibodies Devoid of Light Chains 著者: Hamers-Casterman, C. / Atarhouch, T. / Muyldermans, S. / Robinson, G. / Hamers, C. / Songa, E.B. / Bendahman, N. / Hamers, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 44.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 31.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 359.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 362 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 12508.674 Da / 分子数: 1 / 断片: HEAVY CHAIN VARIABLE DOMAIN FROM LLAMA / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FROM IMMUNIZED LLAMA / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 32 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: VAPOR DIFFUSION, PEG 8K 25%, TRIS 0.1M, PH 8.0, vapor diffusion | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 290 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年2月19日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 4270 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 9.03 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 98.7 |
反射 | *PLUS Num. obs: 8077 / % possible obs: 99.8 % / Num. measured all: 92439 / Rmerge(I) obs: 0.089 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.85 Å / 最低解像度: 1.88 Å / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.191 / Mean I/σ(I) obs: 10.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: VH OF FAB FRAGMENT OF ANTIBODY AGAINST 2-PHENYL-OXAZOLONE 解像度: 1.85→6 Å / 交差検証法: YES / σ(F): 1
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原子変位パラメータ | Biso mean: 16 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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