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- PDB-1hcv: LLAMA HEAVY CHAIN VARIABLE DOMAIN AGAINST ALPHA SUBUNIT OF HCG (H... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hcv
タイトルLLAMA HEAVY CHAIN VARIABLE DOMAIN AGAINST ALPHA SUBUNIT OF HCG (HUMAN CHORIONIC GONADOTROPIN)
要素IMMUNOGLOBULIN G
キーワードIMMUNOGLOBULIN / CAMELIDS
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / :
機能・相同性情報
生物種Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Spinelli, S. / Cambillau, C. / Tegoni, M.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: The crystal structure of a llama heavy chain variable domain.
著者: Spinelli, S. / Frenken, L. / Bourgeois, D. / de Ron, L. / Bos, W. / Verrips, T. / Anguille, C. / Cambillau, C. / Tegoni, M.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: Crystal Structure of a Camel Single-Domain Vh Antibody Fragment in Complex with Lysozyme
著者: Desmyter, A. / Transue, T.R. / Ghahroudi, M.A. / Thi, M.H. / Poortmans, F. / Hamers, R. / Muyldermans, S. / Wyns, L.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: Redefining the Minimal Antigen-Binding Fragment
著者: Sheriff, S. / Constantine, K.L.
#3: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1994
タイトル: Sequence and Structure of Vh Domain from Naturally Occurring Camel Heavy Chain Immunoglobulins Lacking Light Chains
著者: Muyldermans, S. / Atarhouch, T. / Saldanha, J. / Barbosa, J.A. / Hamers, R.
#4: ジャーナル: Nature / 年: 1993
タイトル: Naturally Occurring Antibodies Devoid of Light Chains
著者: Hamers-Casterman, C. / Atarhouch, T. / Muyldermans, S. / Robinson, G. / Hamers, C. / Songa, E.B. / Bendahman, N. / Hamers, R.
履歴
登録1996年7月13日処理サイト: BNL
改定 1.01997年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IMMUNOGLOBULIN G


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5091
ポリマ－12,5091
非ポリマー00
水1,856103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)29.620, 41.830, 38.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.45, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 IMMUNOGLOBULIN G / HC-V LLAMA


分子量: 12508.674 Da / 分子数: 1 / 断片: HEAVY CHAIN VARIABLE DOMAIN FROM LLAMA / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FROM IMMUNIZED LLAMA / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 組織: BLOOD / Cell: LYMPHOCYTE / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: EMBL: AJ236094
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 32 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: VAPOR DIFFUSION, PEG 8K 25%, TRIS 0.1M, PH 8.0, vapor diffusion
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein1drop
225 %PEG80001reservoir
30.1 MTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 290 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年2月19日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 4270 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 9.03
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 98.7
反射
*PLUS
Num. obs: 8077 / % possible obs: 99.8 % / Num. measured all: 92439 / Rmerge(I) obs: 0.089
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.85 Å / 最低解像度: 1.88 Å / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.191 / Mean I/σ(I) obs: 10.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: VH OF FAB FRAGMENT OF ANTIBODY AGAINST 2-PHENYL-OXAZOLONE

解像度: 1.85→6 Å / 交差検証法: YES / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 844 10 %0.243
Rwork0.171 ---
obs0.171 7950 99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1386 0 0 99 1485
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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