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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hbv | ||||||
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タイトル | A CHECK ON RATIONAL DRUG DESIGN. CRYSTAL STRUCTURE OF A COMPLEX OF HIV-1 PROTEASE WITH A NOVEL GAMMA-TURN MIMETIC | ||||||
要素 | HIV-1 PROTEASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE (ACID PROTEASE) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Hoog, S. / Abdel-Meguid, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1995 タイトル: A check on rational drug design: crystal structure of a complex of human immunodeficiency virus type 1 protease with a novel gamma-turn mimetic inhibitor. 著者: Hoog, S.S. / Zhao, B. / Winborne, E. / Fisher, S. / Green, D.W. / DesJarlais, R.L. / Newlander, K.A. / Callahan, J.F. / Moore, M.L. / Huffman, W.F. / Abdel-Meguid, S.S. #1: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1993 タイトル: A Novel Constrained Reduced-Amide Inhibitor of HIV-1 Protease Derived from the Sequential Incorporation of Gamma-Turn Mimetics Into a Model Substrate 著者: Newlander, K.A. / Callahan, J.F. / Moore, M.L. / Tomaszek, T.A. / Huffman, W.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hbv.cif.gz | 51.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hbv.ent.gz | 36.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hbv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1hbv_validation.pdf.gz | 727 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1hbv_full_validation.pdf.gz | 731.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1hbv_validation.xml.gz | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1hbv_validation.cif.gz | 13.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/1hbv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/1hbv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10803.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 遺伝子: HIV-1 PROTEASE / プラスミド: POTSKF33PRO4 / 遺伝子 (発現宿主): HIV-1 PROTEASE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366 #2: 化合物 | ChemComp-GAN / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.37 % | ||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.54 |
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検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年12月8日 |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 8051 / % possible obs: 94 % / Rmerge(I) obs: 0.095 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. measured all: 36970 / Rmerge(I) obs: 0.095 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.3→10 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
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拘束条件 |
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