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- PDB-1hau: X-RAY STRUCTURE OF A BLUE COPPER NITRITE REDUCTASE AT HIGH PH AND... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hau
タイトルX-RAY STRUCTURE OF A BLUE COPPER NITRITE REDUCTASE AT HIGH PH AND IN COPPER FREE FORM AT 1.9 A RESOLUTION
要素DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / NITRITE REDUCTASE / COPPER / BLUE COPPER / OXIDOREDUCTASE OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


denitrification pathway / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / nitrate assimilation / periplasmic space / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrite reductase, copper-type / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Copper-containing nitrite reductase
類似検索 - 構成要素
生物種ALCALIGENES XYLOSOXYDANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ellis, M.J. / Dodd, F.E. / Strange, R.W. / Prudencio, M. / Sawerseady, R.R. / Hasnain, S.S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: X-Ray Structure of a Blue Copper Nitrite Reductase at High Ph and in Copper-Free Form at 1.9 A Resolution
著者: Ellis, M.J. / Dodd, F.E. / Strange, R.W. / Prudencio, M. / Sawers, G. / Eady, R.R. / Hasnain, S.S.
履歴
登録2001年4月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月9日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6983
ポリマ－36,5711
非ポリマー1272
水3,189177
1
A: DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
ヘテロ分子

A: DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
ヘテロ分子

A: DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,0939
ポリマ－109,7123
非ポリマー3816
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
Buried area13540 Å2
ΔGint-91.9 kcal/mol
Surface area35090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.978, 80.978, 99.781
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 DISSIMILATORY COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE / NIR


分子量: 36570.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ALCALIGENES XYLOSOXYDANS (バクテリア) / 細胞内の位置: PERIPLASM / 株: XYLOSOXIDANS
参照: UniProt: O68601, EC: 1.7.99.3, nitrite reductase (NO-forming)
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.75 % / 解説: DATA WERE COLLECTED USING THE WEISSENBERG METHOD
結晶化pH: 8.5
詳細: 30% PEG 4K, 0.1M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1M TRIS-HCL PH8.5, pH 8.50
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
125-30 %PEG40001drop
20.1 M1dropMgCl2
30.1 MTris-HCl1drop
45 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年6月1日 / 詳細: TORROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→33.15 Å / Num. obs: 26943 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 11.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 83.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 87968
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.9 % / Num. unique obs: 3559 / Num. measured obs: 10194 / Rmerge(I) obs: 0.31

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
CCP4データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NDT MONOMER

1ndt


解像度: 1.9→20 Å / SU B: 2.06 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.123
詳細: RESIDUES WITH ZERO OCCUPANCY, NOT SEEN IN THE DENSITY MAPS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19 1406 5 %RANDOM
Rwork0.154 ---
obs0.156 25520 91.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 18.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2575 0 2 177 2754
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.010.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0280.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.2052
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.7243
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.672
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.5833
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0280.05
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1640.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2350.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1150.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor4.87
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor13.515
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor29.220
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor015
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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