PDB-1ha6: NMR Solution Structure of Murine CCL20/MIP-3a Chemokine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ha6

タイトル

NMR Solution Structure of Murine CCL20/MIP-3a Chemokine

要素

MACROPHAGE INFLAMMATORY PROTEIN 3 ALPHA

キーワード

IMMUNE SYSTEM / CHEMIOKINE / MOUSE / CCL20/MIP-3A / DEFENSINS

機能・相同性

機能・相同性情報

Chemokine receptors bind chemokines / thymocyte migration / CCR6 chemokine receptor binding / G alpha (i) signalling events / chemokine activity / positive regulation of T cell migration / T cell migration / cytokine activity / cell chemotaxis / calcium-mediated signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

手法

溶液NMR / TORSIONAL ANGLE DYNAMICS, MOLECULAR DYNAMICS

データ登録者

Perez-Canadillas, J.M. / Zaballos, A. / Gutierrez, J. / Varona, R. / Roncal, F. / Albar, J.P. / Marquez, G. / Bruix, M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: NMR Solution Structure of Murine Ccl20/Mip3-A, a Chemiokine that Specifically Chemoattracs Immature Dendritic Cells and Lymphocytes Through its Highly Specific Interaction with the Beta- ...
著者: Perez-Canadillas, J.M. / Zaballos, A. / Gutierrez, J. / Varona, R. / Roncal, F. / Albar, J.P. / Marquez, G. / Bruix, M.

履歴

登録	2001年3月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2001年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月7日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ha6.cif.gz	444.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ha6.ent.gz	371.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ha6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ha6_validation.pdf.gz	355.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ha6_full_validation.pdf.gz	493.6 KB	表示
XML形式データ	1ha6_validation.xml.gz	25.2 KB	表示
CIF形式データ	1ha6_validation.cif.gz	41.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/1ha6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/1ha6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2gcc-d 4wft-2 4wft-1 1bqt-d 5c0k-d 5oc4-d 5ejo-d 2jyo-d 3ns5-2 1x4e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (7) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MACROPHAGE INFLAMMATORY PROTEIN 3 ALPHA

7.97 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 60	LOWEST ENERGY
代表モデル

#1: タンパク質	MACROPHAGE INFLAMMATORY PROTEIN 3 ALPHA / MIP-3-ALPHA / CC CHEMOKINE LARC 分子量: 7970.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: O89093
構成要素の詳細	INVOLVED IN FORMATION AND FUNCTION OF THE MUCOSAL LYMPHOID TISSUES BY ATTRACTING LYMPHOCYTES AND ...INVOLVED IN FORMATION AND FUNCTION OF THE MUCOSAL LYMPHOID TISSUES BY ATTRACTING LYMPHOCYTES AND DENDRITIC CELLS TOWARDS EPITHELIAL CELLS.
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	COSY
1	2	1	TOCSY
1	3	1	NOESY

-
試料調製

試料状態	イオン強度: 0.2 / pH: 3.5 / 温度: 308 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
DYANA; GROMOS GROMOS	GROMOS	GUNTERT; VAN GUSTEREN	精密化
DYANA			構造決定
GROMOS			構造決定

精密化

手法: TORSIONAL ANGLE DYNAMICS, MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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