PDB-1h8s: Three-dimensional structure of anti-ampicillin single chain Fv fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1h8s

タイトル

Three-dimensional structure of anti-ampicillin single chain Fv fragment complexed with the hapten.

要素

MUTANT AL2 6E7P9G

キーワード

ANTI-AMPICILLIN ANTIBODIES

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-AIC

機能・相同性情報

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

手法

X線回折 / OTHER / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Burmester, J. / Spinelli, S. / Pugliese, L. / Krebber, A. / Honegger, A. / Jung, S. / Schimmele, B. / Cambillau, C. / Pluckthun, A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Selection, Characterization and X-Ray Structure of Anti-Ampicillin Single-Chain Fv Fragments from Phage-Displayed Murine Antibody Libraries
著者: Burmester, J. / Spinelli, S. / Pugliese, L. / Krebber, A. / Honegger, A. / Jung, S. / Schimmele, B. / Cambillau, C. / Pluckthun, A.

履歴

登録	2001年2月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2001年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1h8s.cif.gz	101.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1h8s.ent.gz	82.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1h8s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1h8s_validation.pdf.gz	762.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1h8s_full_validation.pdf.gz	774.1 KB	表示
XML形式データ	1h8s_validation.xml.gz	22.5 KB	表示
CIF形式データ	1h8s_validation.cif.gz	32.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/1h8s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/1h8s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1h8oC 1i3gC 1h8n C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1h8o-1 7acs-d 3auv-2 3fgv-d 1j4g-4 5thx-d 5j75-2 1a7n-d 5e2f-2 2pqi-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MUTANT AL2 6E7P9G

B: MUTANT AL2 6E7P9G

ヘテロ分子

54.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MUTANT AL2 6E7P9G

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: MUTANT AL2 6E7P9G

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.930, 89.270, 94.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	MUTANT AL2 6E7P9G 分子量: 27006.734 Da / 分子数: 2 / 断片: FV FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現詳細: SINGLE CHAIN FV ANTIBODY IN WHICH THE VL AND VH FRAGMENTS ARE JOINED BY A GGGGSGGGGSGGGGSGGGGS LINKER 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PAK3000 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): RV308
#2: 化合物	ChemComp-AIC / (2S,5R,6R)-6-{[(2R)-2-AMINO-2-PHENYLETHANOYL]AMINO}-3,3-DIMETHYL-7-OXO-4-THIA-1-AZABICYCLO[3.2.0]HEPTANE-2-CARBOXYLIC ACID / AMPICILLIN / D(-)-ALPHA-AMINOBENZYLPENICILLIN / 6-[D(-)-ALPHA-AMINOPHENYLLACETAMIDO]PENICILLANIC ACID / アンピシリン分子量: 349.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₉N₃O₄S / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.49 %

結晶化

pH: 5 / 詳細: pH 5.00

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	2.85 mg/ml	protein	1	drop
2	1.9-2.0 M	ammonium sulfate	1	reservoir
3	100 mM	sodium acetate	1	reservoir	pH5.8
4	33 mM	ampicillin	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: SIEMENS
放射	モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→13 Å / Num. obs: 20445 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 38.8 Å² / R_sym value: 0.082 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 2.4→2.47 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / R_sym value: 0.2 / % possible all: 92
反射	PLUS % possible obs: 98 % / Num. measured all: 93952 / R_merge(I) obs*: 0.082
反射シェル	PLUS % possible obs: 82.8 % / R_merge(I) obs*: 0.225

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	1	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.4→12.94 Å / R_factor R_free error: 0.008 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.273	1287	6.7 %	RANDOM
R_work	0.204	-	-	-
obs	0.204	19137	96.1 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 34.6877 Å² / k_sol: 0.335775 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.3 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.28 Å / Luzzati sigma a obs: 0.28 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→12.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3400	0	34	297	3731

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.012
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.6
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	27.4
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.88
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.55 Å / R_factor R_free error: 0.028 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.409	214	7.4 %
R_work	0.292	2687	-
obs	-	-	88.4 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	AMPI_231199.PARAM	AMPI_300799.TOP

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	27.4
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.88

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関連情報:EMDBヘッダ

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