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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1h7e | ||||||
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タイトル | The structure of CMP:2-keto-3-deoxy-manno-octonic acid synthetase and of its complexes with substrates and substrate analogues, Apo-enzyme | ||||||
要素 | 3-DEOXY-MANNO-OCTULOSONATE CYTIDYLYLTRANSFERASE | ||||||
キーワード | NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / CMP-KDO SYNTHETASE / NUCLEOSIDE MONOPHOSPHATE GLYCOSIDES / LIPOPOLYSACCHARIDE BIOSYNTHESIS / SUGAR-ACTIVATING ENZYMES | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase / 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase activity / CMP-keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / lipopolysaccharide biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.83 Å | ||||||
データ登録者 | Jelakovic, S. / Schulz, G.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: The Structure of Cmp:2-Keto-3-Deoxy-Manno-Octonic Acid Synthetase and of its Complexes with Substrates and Substrate Analogs 著者: Jelakovic, S. / Schulz, G.E. #1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1996 タイトル: The Three-Dimensional Structure of Capsule-Specific Cmp:2-Keto-3-Deoxy-Manno-Octonic Acid Synthetase from Escherichia Coli 著者: Jelakovic, S. / Jann, K. / Schulz, G.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1h7e.cif.gz | 112.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1h7e.ent.gz | 88 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1h7e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1h7e_validation.pdf.gz | 431 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1h7e_full_validation.pdf.gz | 436.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1h7e_validation.xml.gz | 24.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1h7e_validation.cif.gz | 36 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/1h7e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/1h7e | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.047212, 0.85609, -0.514665), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27059.912 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K5 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: P42216, 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.38 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 9.4 / 詳細: pH 9.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 297 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 1.06 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.06 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.83→19.3 Å / Num. obs: 45498 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.071 |
反射 | *PLUS % possible obs: 90 % |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.83 Å / 最低解像度: 1.86 Å / % possible obs: 72 % / 冗長度: 3 % / Num. unique obs: 1909 / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 |
-解析
ソフトウェア | 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.83→19 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.83→19 Å
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拘束条件 |
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