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万見
- PDB-1h6j: The three-dimensional structure of capsule-specific CMP:2-keto-3-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h6j
タイトルThe three-dimensional structure of capsule-specific CMP:2-keto-3-deoxy-manno-octonic acid synthetase from Escherichia coli
要素3-DEOXY-MANNO-OCTULOSONATE CYTIDYLYLTRANSFERASE
キーワードNUCLEOTIDYLTRANSFERASE / CMP-KDO SYNTHETASE / CAPSULAR POLYSACCHARIDE / SACCHARIDE ACTIVATION
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase / 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase activity / CMP-keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / lipopolysaccharide biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
3-deoxy-D-manno-octulosonate cytidylyltransferase / Acylneuraminate cytidylyltransferase / Cytidylyltransferase / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.32 Å
Model type detailsCA ATOMS ONLY, CHAIN A, B
データ登録者Jelakovic, S. / Jann, K. / Schulz, G.E.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1996
タイトル: The Three-Dimensional Structure of Capsule-Specific Cmp:2-Keto-3-Deoxy-Manno-Octonic Acid Synthetase from Escherichia Coli
著者: Jelakovic, S. / Jann, K. / Schulz, G.E.
履歴
登録2001年6月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-DEOXY-MANNO-OCTULOSONATE CYTIDYLYLTRANSFERASE
B: 3-DEOXY-MANNO-OCTULOSONATE CYTIDYLYLTRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1202
ポリマ－54,1202
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)46.090, 133.460, 48.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.044215, 0.857698, -0.51225), (0.857496, -0.230505, -0.459966), (-0.512587, -0.459589, -0.725281)
ベクター: 2.307, 89.301, 153.674)

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要素

#1: タンパク質 3-DEOXY-MANNO-OCTULOSONATE CYTIDYLYLTRANSFERASE / CMP-KDO SYNTHETASE / CKS / CMP-2-KETO-3-DEOXYOCTULOSONIC ACID SYNTHETASE / CMP-2-KETO-3-DEOXY-MANNO ...CMP-KDO SYNTHETASE / CKS / CMP-2-KETO-3-DEOXYOCTULOSONIC ACID SYNTHETASE / CMP-2-KETO-3-DEOXY-MANNO -OCTONIC ACID SYNTHETASE / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 27059.912 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K5 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: P42216, 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.13 %
結晶化pH: 9.4 / 詳細: pH 9.40
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
116 %PEG200001drop
2100 mMTris-HCl1drop
3200 mMcadmium acetate1drop
45 mM1dropMgCl2
52 mMdithiothreitol1drop
62-4 %PEG200001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 297 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→25 Å / Num. obs: 22560 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 13
反射
*PLUS
最低解像度: 25 Å / % possible obs: 95 %

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解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.32→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 1091 5 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs0.225 21233 90 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数482 0 0 0 482
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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