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万見
- PDB-1h5s: Thymidylyltransferase complexed with TMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h5s
タイトルThymidylyltransferase complexed with TMP
要素(Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase ...) x 4
キーワードTRANSFERASE / PYROPHOSPHATASE / NUCLEOTIDE SUGAR METHABOLISM
機能・相同性
機能・相同性情報


glucose-1-phosphate thymidylyltransferase / glucose-1-phosphate thymidylyltransferase activity / O antigen biosynthetic process / dTDP-rhamnose biosynthetic process / : / protein homotetramerization / identical protein binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase, short form / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Rosano, C. / Zuccotti, S. / Bolognesi, M.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2001
タイトル: Kinetic and crystallographic analyses support a sequential-ordered bi bi catalytic mechanism for Escherichia coli glucose-1-phosphate thymidylyltransferase.
著者: Zuccotti, S. / Zanardi, D. / Rosano, C. / Sturla, L. / Tonetti, M. / Bolognesi, M.
履歴
登録2001年5月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年11月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity_name_com.name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 1.42019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.62024年5月8日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase 1
B: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase 1
C: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase 1
D: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,42512
ポリマ－130,8484
非ポリマー2,5788
水7,062392
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)73.100, 119.270, 81.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.66, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase ... , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase 1 / G1P-TT 1 / dTDP-glucose pyrophosphorylase 1 / dTDP-glucose synthase 1


分子量: 32693.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rfbA, rmlA, rmlA1, b2039, JW2024 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P37744, glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
#2: タンパク質 Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase 1 / G1P-TT 1 / dTDP-glucose pyrophosphorylase 1 / dTDP-glucose synthase 1


分子量: 32705.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rfbA, rmlA, rmlA1, b2039, JW2024 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P37744, glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
#3: タンパク質 Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase 1 / G1P-TT 1 / dTDP-glucose pyrophosphorylase 1 / dTDP-glucose synthase 1


分子量: 32726.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rfbA, rmlA, rmlA1, b2039, JW2024 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P37744, glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
#4: タンパク質 Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase 1 / G1P-TT 1 / dTDP-glucose pyrophosphorylase 1 / dTDP-glucose synthase 1


分子量: 32722.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rfbA, rmlA, rmlA1, b2039, JW2024 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P37744, glucose-1-phosphate thymidylyltransferase

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非ポリマー , 2種, 400分子

#5: 化合物
ChemComp-TMP / THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / TMP


分子量: 322.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N2O8P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.4 %
結晶化pH: 5.5 / 詳細: pH 5.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.91
検出器日付: 2000年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 56185 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 10.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→12 Å / SU ML: 0.1836 / ESU R Free: 0.3327 / 詳細: PROLINE 19 IS IN CIS CONFORMATION
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 --RANDOM
Rwork0.176 ---
obs-53169 99 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9107 0 168 392 9667

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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