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万見
- PDB-1h59: Complex of IGFBP-5 with IGF-I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h59
タイトルComplex of IGFBP-5 with IGF-I
要素
  • INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR BINDING PROTEIN 5
  • INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR IA
キーワードINSULIN / INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR / IGF BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of muscle tissue development / negative regulation of skeletal muscle hypertrophy / regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / glycolate metabolic process / muscle hypertrophy / negative regulation of oocyte development / positive regulation of trophectodermal cell proliferation / insulin-like growth factor binding protein complex / insulin-like growth factor ternary complex / negative regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway ...negative regulation of muscle tissue development / negative regulation of skeletal muscle hypertrophy / regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / glycolate metabolic process / muscle hypertrophy / negative regulation of oocyte development / positive regulation of trophectodermal cell proliferation / insulin-like growth factor binding protein complex / insulin-like growth factor ternary complex / negative regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / proteoglycan biosynthetic process / negative regulation of smooth muscle cell migration / positive regulation of glycoprotein biosynthetic process / myotube cell development / skeletal muscle satellite cell maintenance involved in skeletal muscle regeneration / negative regulation of neuroinflammatory response / mammary gland involution / bone mineralization involved in bone maturation / Signaling by Type 1 Insulin-like Growth Factor 1 Receptor (IGF1R) / positive regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / IRS-related events triggered by IGF1R / negative regulation of growth / exocytic vesicle / cell activation / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / insulin-like growth factor II binding / type B pancreatic cell proliferation / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / insulin-like growth factor I binding / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / positive regulation of Ras protein signal transduction / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / response to growth hormone / myoblast differentiation / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / myoblast proliferation / muscle organ development / negative regulation of interleukin-1 beta production / hair follicle morphogenesis / lung alveolus development / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / positive regulation of smooth muscle cell migration / positive regulation of activated T cell proliferation / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / fibronectin binding / cellular response to organic cyclic compound / negative regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of glycogen biosynthetic process / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of osteoblast differentiation / SHC-related events triggered by IGF1R / positive regulation of DNA binding / positive regulation of osteoblast differentiation / cellular response to cAMP / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / striated muscle cell differentiation / positive regulation of glycolytic process / activation of protein kinase B activity / positive regulation of mitotic nuclear division / negative regulation of cell migration / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / platelet alpha granule lumen / skeletal system development / positive regulation of epithelial cell proliferation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / female pregnancy / positive regulation of protein secretion / positive regulation of glucose import / regulation of cell growth / Post-translational protein phosphorylation / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / regulation of protein phosphorylation / insulin-like growth factor receptor binding / growth factor activity / wound healing / insulin receptor binding / hormone activity / osteoblast differentiation / cellular response to amyloid-beta / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of fibroblast proliferation / integrin binding / Platelet degranulation / glucose homeostasis / response to heat / regulation of gene expression / cell population proliferation / Ras protein signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein stabilization / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Insulin-like growth factor binding protein 5 / Omega-AgatoxinV - #20 / Insulin-like growth factor-binding protein family 1-6, chordata / Insulin-like growth factor binding protein, N-terminal, Cys-rich conserved site / Insulin-like growth factor-binding protein (IGFBP) N-terminal domain signature. / Omega-AgatoxinV / Insulin-like growth factor I / Insulin-like, subunit E / Insulin-like / Insulin-like growth factor binding protein ...Insulin-like growth factor binding protein 5 / Omega-AgatoxinV - #20 / Insulin-like growth factor-binding protein family 1-6, chordata / Insulin-like growth factor binding protein, N-terminal, Cys-rich conserved site / Insulin-like growth factor-binding protein (IGFBP) N-terminal domain signature. / Omega-AgatoxinV / Insulin-like growth factor I / Insulin-like, subunit E / Insulin-like / Insulin-like growth factor binding protein / Insulin-like growth factor-binding protein, IGFBP / Insulin-like growth factor-binding protein (IGFBP) N-terminal domain profile. / Insulin growth factor-binding protein homologues / Insulin-like growth factor / Thyroglobulin type-1 repeat signature. / Thyroglobulin type-1 / Thyroglobulin type-1 superfamily / Thyroglobulin type-1 repeat / Thyroglobulin type-1 domain profile. / Thyroglobulin type I repeats. / Insulin family / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin-like superfamily / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Insulin-like growth factor I / Insulin-like growth factor I / Insulin-like growth factor-binding protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 単一同系置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Zeslawski, W. / Beisel, H.G. / Kamionka, M. / Kalus, W. / Engh, R.A. / Huber, R. / Holak, T.A.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2001
タイトル: The Interaction of Insulin-Like Growth Factor-I with the N-Terminal Domain of Igfbp-5
著者: Zesaawski, W. / Beisel, H.G. / Kamionka, M. / Kalus, W. / Engh, R.A. / Huber, R. / Lang, K. / Holak, T.A.
履歴
登録2001年5月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR IA
B: INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR BINDING PROTEIN 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7162
ポリマ－13,7162
非ポリマー00
水79344
1
A: INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR IA
B: INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR BINDING PROTEIN 5

A: INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR IA
B: INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR BINDING PROTEIN 5

A: INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR IA
B: INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR BINDING PROTEIN 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1476
ポリマ－41,1476
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-z,x+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation11_455y-1/2,-z+1/2,-x1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)74.385, 74.385, 74.385
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2017-

HOH

詳細TRIMER OF THE HETERODIMERIC COMPLEX OF IGF- IA AND IGFBP-5

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要素

#1: タンパク質 INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR IA / IGF-I / IGF-IA / SOMATOMEDIN C


分子量: 7663.752 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 49-118 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P01343, UniProt: P05019*PLUS
#2: タンパク質 INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR BINDING PROTEIN 5 / IGFBP-5 / IBP-5 / IGF-BINDING PROTEIN 5


分子量: 6051.915 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL IGF BINDING DOMAIN RESIDUE 58-111 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P24593
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.81 %
結晶化pH: 5.6 / 詳細: pH 5.60
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 %Jeffamine M-60011
20.1 Msodium citrate11
30.01 M11pH5.6FeCl

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データ収集

回折平均測定温度: 278 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→16.2 Å / Num. obs: 8035 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.082
反射 シェル解像度: 2.11→2.23 Å / Rmerge(I) obs: 0.448 / % possible all: 96.9
反射
*PLUS
% possible obs: 99.3 % / Num. measured all: 45345
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換 / 解像度: 2.1→16.2 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 501 6 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.218 8023 99.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→16.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数765 0 0 44 809
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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