PDB-1h4o: Monoclinic form of human peroxiredoxin 5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1h4o

タイトル

Monoclinic form of human peroxiredoxin 5

要素

PEROXIREDOXIN 5

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ANTIOXIDANT ENZYME / THIOREDOXIN PEROTHIOREDOXIN / FOLDXIDASE

機能・相同性

機能・相同性情報

peroxynitrite reductase activity / reactive nitrogen species metabolic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase III / negative regulation of oxidoreductase activity / NADPH oxidation / regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / Detoxification of Reactive Oxygen Species ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Declercq, J.P. / Evrard, C.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal Structure of Human Peroxiredoxin 5, a Novel Type of Mammalian Peroxiredoxin at 1.5 A Resolution
著者: Declercq, J.P. / Evrard, C. / Clippe, A. / Stricht, D.V. / Bernard, A. / Knoops, B.

履歴

登録	2001年5月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2001年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2014年2月5日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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関連構造データ

関連構造データ	1hd2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4k7o-1 3drn-2 4k7o-3 7bgx-d 1oc3-2 2mu1-d 1w8m-d 4mmm-2 1hd2-d 4mmm-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (1) #94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

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PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#212 - 2017年8月
グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases)
類似性 (1)
#94 - 2007年10月
スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: PEROXIREDOXIN 5

B: PEROXIREDOXIN 5

C: PEROXIREDOXIN 5

D: PEROXIREDOXIN 5

E: PEROXIREDOXIN 5

F: PEROXIREDOXIN 5

G: PEROXIREDOXIN 5

H: PEROXIREDOXIN 5

ヘテロ分子

136 kDa, 8 ポリマー
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1

A: PEROXIREDOXIN 5

ヘテロ分子

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2

B: PEROXIREDOXIN 5

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3

C: PEROXIREDOXIN 5

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4

D: PEROXIREDOXIN 5

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5

E: PEROXIREDOXIN 5

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6

F: PEROXIREDOXIN 5

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7

G: PEROXIREDOXIN 5

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8

H: PEROXIREDOXIN 5

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	130.790, 66.490, 141.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.54, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ALA	ALA	VAL	VAL	3	A	A	1 - 14	1 - 14
2	1	1	ALA	ALA	VAL	VAL	3	B	B	1 - 14	1 - 14
3	1	1	ALA	ALA	VAL	VAL	3	C	C	1 - 14	1 - 14
4	1	1	ALA	ALA	VAL	VAL	3	D	D	1 - 14	1 - 14
5	1	1	ALA	ALA	VAL	VAL	3	E	E	1 - 14	1 - 14
6	1	1	ALA	ALA	VAL	VAL	3	F	F	1 - 14	1 - 14
7	1	1	ALA	ALA	VAL	VAL	3	G	G	1 - 14	1 - 14
8	1	1	ALA	ALA	VAL	VAL	3	H	H	1 - 14	1 - 14
1	2	1	PHE	PHE	ASN	ASN	5	A	A	15 - 24	15 - 24
2	2	1	PHE	PHE	ASN	ASN	5	B	B	15 - 24	15 - 24
3	2	1	PHE	PHE	ASN	ASN	5	C	C	15 - 24	15 - 24
4	2	1	PHE	PHE	ASN	ASN	5	D	D	15 - 24	15 - 24
5	2	1	PHE	PHE	ASN	ASN	5	E	E	15 - 24	15 - 24
6	2	1	PHE	PHE	ASN	ASN	5	F	F	15 - 24	15 - 24
7	2	1	PHE	PHE	ASN	ASN	5	G	G	15 - 24	15 - 24
8	2	1	PHE	PHE	ASN	ASN	5	H	H	15 - 24	15 - 24
1	3	1	LEU	LEU	LEU	LEU	3	A	A	25 - 161	25 - 161
2	3	1	LEU	LEU	LEU	LEU	3	B	B	25 - 161	25 - 161
3	3	1	LEU	LEU	LEU	LEU	3	C	C	25 - 161	25 - 161
4	3	1	LEU	LEU	LEU	LEU	3	D	D	25 - 161	25 - 161
5	3	1	LEU	LEU	LEU	LEU	3	E	E	25 - 161	25 - 161
6	3	1	LEU	LEU	LEU	LEU	3	F	F	25 - 161	25 - 161
7	3	1	LEU	LEU	LEU	LEU	3	G	G	25 - 161	25 - 161
8	3	1	LEU	LEU	LEU	LEU	3	H	H	25 - 161	25 - 161
1	1	2	BEZ	BEZ	BEZ	BEZ	1	A	I	1162
2	1	2	BEZ	BEZ	BEZ	BEZ	1	B	J	1162
3	1	2	BEZ	BEZ	BEZ	BEZ	1	C	K	1162
4	1	2	BEZ	BEZ	BEZ	BEZ	1	D	L	1162
5	1	2	BEZ	BEZ	BEZ	BEZ	1	E	M	1162
6	1	2	BEZ	BEZ	BEZ	BEZ	1	F	N	1162
7	1	2	BEZ	BEZ	BEZ	BEZ	1	G	O	1162
8	1	2	BEZ	BEZ	BEZ	BEZ	1	H	P	1162

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.270446, -0.953291, 0.134518), (0.950263, -0.286741, -0.12157), (0.154464, 0.094949, 0.983425)	-31.456, 4.38, -28.61
2	given	(-0.985374, 0.163467, 0.048136), (-0.161289, -0.985829, 0.046121), (0.054993, 0.037683, 0.997775)	-29.8, 27.764, -63.289
3	given	(0.100545, 0.992969, -0.06248), (-0.993238, 0.103839, 0.05192), (0.058042, 0.056838, 0.996695)	-6.783, 26.291, -95.794
4	given	(0.986253, -0.142584, -0.083513), (0.138721, 0.989048, -0.050397), (0.089784, 0.03812, 0.995232)	-62.012, 13.213, 4.178
5	given	(-0.097589, -0.994769, 0.030188), (0.993386, -0.099208, -0.057815), (0.060508, 0.024346, 0.997871)	-21.284, 64.635, -32.178
6	given	(-0.999018, -0.01047, 0.043054), (0.010323, -0.99994, -0.003643), (0.043089, -0.003195, 0.999066)	30.05, 27.226, -63.802
7	given	(0.25684, 0.961914, -0.093568), (-0.954999, 0.267466, 0.128215), (0.148358, 0.056427, 0.987323)	-23.777, -38.257, -90.625

#1: タンパク質	PEROXIREDOXIN 5 / PRDX5 / PRXV / AOEB166 / PMP20 / ARC1 分子量: 16919.514 Da / 分子数: 8 / 断片: RESIDUES 54-214 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 器官: LUNG / プラスミド: PQE-30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI M15 (大腸菌) / 参照: UniProt: P30044, peroxiredoxin
#2: 化合物	ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸分子量: 122.121 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 67 % / 解説: NCS AVERAGING
結晶化	pH: 5.3 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.6 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM CITRATE BUFFER PH 5.3, 0.2 M POTASSIUM SODIUM TARTRATE, 1 MM DTT, 0.02 % (W/V) SODIUM AZIDE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.978766
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年5月15日 / 詳細: TWO MIRRORS
放射	モノクロメーター: FLAT AND N2 COOLED AND SAGITTALY BENT MONOCHROMATORS プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978766 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→24 Å / Num. obs: 151926 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 1.83 % / R_merge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 21
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.142 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
REFMAC	5	精密化

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換 / 解像度: 1.95→24 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 3.6 / SU ML: 0.106 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19	7402	5 %	RANDOM
R_work	0.165	-	-	-
obs	0.166	140398	94.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9520	0	72	1213	10805

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	9760
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	9184
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.799	1.987	13192
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	1.117	3	21424
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	1520
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	10928
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1800
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.3	2119
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.21	0.3	8826
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.5	1016
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.208	0	7
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.153	0.3	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.178	0.3	153
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.125	0.5	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.674	1.5	6384
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.284	2	10184
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.667	3	3376
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.489	4.5	3008
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	880	tight positional	0.12	0.05
1	2	B	880	tight positional	0.11	0.05
1	3	C	880	tight positional	0.07	0.05
1	4	D	880	tight positional	0.08	0.05
1	5	E	880	tight positional	0.07	0.05
1	6	F	880	tight positional	0.07	0.05
1	7	G	880	tight positional	0.1	0.05
1	8	H	880	tight positional	0.08	0.05
2	1	A	894	tight positional	0.01	0.05
2	2	B	894	tight positional	0.01	0.05
2	3	C	894	tight positional	0.01	0.05
2	4	D	894	tight positional	0.01	0.05
2	5	E	894	tight positional	0.01	0.05
2	6	F	894	tight positional	0.01	0.05
2	7	G	894	tight positional	0.01	0.05
2	8	H	894	tight positional	0.01	0.05
1	1	A	57	medium positional	0.37	0.5
1	2	B	57	medium positional	1.01	0.5
1	3	C	57	medium positional	0.43	0.5
1	4	D	57	medium positional	0.42	0.5
1	5	E	57	medium positional	0.42	0.5
1	6	F	57	medium positional	0.43	0.5
1	7	G	57	medium positional	0.45	0.5
1	8	H	57	medium positional	1.4	0.5
2	1	A	57	medium positional	0.08	0.5
2	2	B	57	medium positional	0.13	0.5
2	3	C	57	medium positional	0.09	0.5
2	4	D	57	medium positional	0.09	0.5
2	5	E	57	medium positional	0.09	0.5
2	6	F	57	medium positional	0.09	0.5
2	7	G	57	medium positional	0.09	0.5
2	8	H	57	medium positional	0.16	0.5
1	1	A	1396	loose positional	0.65	5
1	2	B	1396	loose positional	0.78	5
1	3	C	1396	loose positional	0.47	5
1	4	D	1396	loose positional	0.49	5
1	5	E	1396	loose positional	0.58	5
1	6	F	1396	loose positional	0.49	5
1	7	G	1396	loose positional	0.7	5
1	8	H	1396	loose positional	0.89	5
2	1	A	1396	loose positional	0.02	5
2	2	B	1396	loose positional	0.02	5
2	3	C	1396	loose positional	0.02	5
2	4	D	1396	loose positional	0.02	5
2	5	E	1396	loose positional	0.02	5
2	6	F	1396	loose positional	0.02	5
2	7	G	1396	loose positional	0.02	5
2	8	H	1396	loose positional	0.03	5
1	1	A	880	tight thermal	0.21	0.5
1	2	B	880	tight thermal	0.2	0.5
1	3	C	880	tight thermal	0.2	0.5
1	4	D	880	tight thermal	0.2	0.5
1	5	E	880	tight thermal	0.19	0.5
1	6	F	880	tight thermal	0.17	0.5
1	7	G	880	tight thermal	0.18	0.5
1	8	H	880	tight thermal	0.18	0.5
2	1	A	894	tight thermal	1.22	0.5
2	2	B	894	tight thermal	1.18	0.5
2	3	C	894	tight thermal	1.18	0.5
2	4	D	894	tight thermal	1.19	0.5
2	5	E	894	tight thermal	1.15	0.5
2	6	F	894	tight thermal	1.09	0.5
2	7	G	894	tight thermal	1.13	0.5
2	8	H	894	tight thermal	1.11	0.5
1	1	A	57	medium thermal	1.75	2
1	2	B	57	medium thermal	4.94	2
1	3	C	57	medium thermal	0.81	2
1	4	D	57	medium thermal	2.86	2
1	5	E	57	medium thermal	1.53	2
1	6	F	57	medium thermal	2.23	2
1	7	G	57	medium thermal	1.86	2
1	8	H	57	medium thermal	4.43	2
2	1	A	57	medium thermal	13.84	2
2	2	B	57	medium thermal	23.25	2
2	3	C	57	medium thermal	9.43	2
2	4	D	57	medium thermal	17.67	2
2	5	E	57	medium thermal	12.95	2
2	6	F	57	medium thermal	15.62	2
2	7	G	57	medium thermal	14.27	2
2	8	H	57	medium thermal	22.01	2
1	1	A	1396	loose thermal	1.66	10
1	2	B	1396	loose thermal	2.17	10
1	3	C	1396	loose thermal	1.44	10
1	4	D	1396	loose thermal	1.63	10
1	5	E	1396	loose thermal	1.58	10
1	6	F	1396	loose thermal	1.31	10
1	7	G	1396	loose thermal	1.51	10
1	8	H	1396	loose thermal	1.78	10
2	1	A	1396	loose thermal	2.73	10
2	2	B	1396	loose thermal	3.11	10
2	3	C	1396	loose thermal	2.53	10
2	4	D	1396	loose thermal	2.7	10
2	5	E	1396	loose thermal	2.66	10
2	6	F	1396	loose thermal	2.42	10
2	7	G	1396	loose thermal	2.6	10
2	8	H	1396	loose thermal	2.82	10

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.237	551
R_work	0.2	10293

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0339	-0.0882	0.3877	0.9453	-0.5139	2.3691	-0.0279	0.1243	0.1811	-0.1246	0.0096	0.0595	-0.1723	-0.3316	0.0183	0.0598	0.0084	-0.0031	0.1344	-0.0068	0.0603	-6.331	6.758	-26.961
2	1.2985	-0.4076	-0.3371	2.7278	2.1782	3.4199	-0.0033	0.3506	-0.0708	-0.216	-0.2676	0.2619	0.0377	-0.2567	0.2709	0.062	0.0335	-0.0013	0.1738	-0.0434	0.0854	-8.855	23	5.726
3	1.7155	0.0644	-0.9259	1.3897	0.1812	2.1905	-0.1284	0.2403	-0.2124	-0.182	-0.0509	0.0374	0.2087	-0.0479	0.1793	0.0959	-0.0254	0.0532	0.0182	-0.0369	0.0749	-24.825	18.603	36.732
4	1.2767	0.2821	-0.8021	2.0637	-0.996	2.057	-0.0563	0.0145	-0.0538	-0.1583	-0.1025	-0.2789	-0.0361	0.281	0.1588	0.0653	0.0027	0.0398	0.0382	0.0287	0.0825	-23.644	1.087	67.518
5	2.8511	-1.1434	1.2402	2.4724	-0.361	2.0086	0.0337	0.4936	0.2936	-0.4055	-0.2862	-0.0965	-0.1675	0.0773	0.2525	0.1602	0.0054	-0.0492	0.1167	0.0517	0.1211	58.443	2.899	-26.266
6	1.7316	0.51	0.5145	2.0273	0.7604	1.7197	-0.0655	0.1165	0.062	-0.2067	-0.0092	0.2401	0.0622	-0.144	0.0747	0.1002	0.0019	-0.0624	0.0461	-0.0071	0.1184	56.277	20.312	4.676
7	1.8236	-0.3014	-0.7862	1.7206	0.3822	1.8468	-0.0037	0.0839	-0.1418	-0.249	0.0104	-0.0426	0.2692	0.0586	-0.0067	0.1519	-0.0341	-0.013	0.1392	-0.0065	0.0741	38.147	19.966	35.267
8	1.5734	-0.0821	-0.0643	2.4085	-1.5129	3.0266	0.0099	0.3282	0.0104	-0.3448	-0.0952	-0.1411	0.0799	0.2207	0.0853	0.0924	0.0575	0.0099	0.2385	0.0063	0.0744	41.824	3.55	67.978

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 161
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1162
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 161
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1162
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 161
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1162
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 161
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1162
9	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 161
10	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1162
11	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 161
12	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1162
13	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 161
14	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1162
15	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 161
16	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1162

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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