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- PDB-1h3q: Crystal structure of SEDL at 2.4 Angstroms resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h3q
タイトルCrystal structure of SEDL at 2.4 Angstroms resolution
要素SEDLIN
キーワードTRANSPORT / SEDL / SEDT / ENDOPLASMIC RETICULUM / GOLGI / VESICLE TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle coating / vesicle tethering / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / COPII-mediated vesicle transport / TRAPPII protein complex / TRAPPIII protein complex / TRAPP complex / COPII vesicle coating / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport ...vesicle coating / vesicle tethering / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / COPII-mediated vesicle transport / TRAPPII protein complex / TRAPPIII protein complex / TRAPP complex / COPII vesicle coating / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / transcription corepressor binding / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta-Lactamase - #70 / Trafficking protein particle complex subunit 2 / Sedlin, N-terminal conserved region / Longin-like domain superfamily / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Trafficking protein particle complex subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Jang, S.B. / Kim, Y.-G. / Cho, Y.-S. / Oh, B.-H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Crystal Structure of Sedl and its Implications for a Genetic Disease Spondyloepiphyseal Dysplasia Tarda
著者: Jang, S.B. / Kim, Y.-G. / Cho, Y.-S. / Suh, P.-G. / Kim, K.-H. / Oh, B.-H.
履歴
登録2002年9月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SEDLIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4631
ポリマ－16,4631
非ポリマー00
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)46.690, 101.300, 66.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 SEDLIN / SEDL


分子量: 16462.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9CQP2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細MAY PLAY A ROLE IN VESICULAR TRANSPORT FROM ENDOPLASMIC RETICULUM TO GOLGI. MEMBER OF THE ...MAY PLAY A ROLE IN VESICULAR TRANSPORT FROM ENDOPLASMIC RETICULUM TO GOLGI. MEMBER OF THE TRAPP/SEDLIN SUBFAMILY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.361 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.9 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 1.4M SODIUM ACETATE, 0.1M SODIUM CACODYLATE PH6.5, pH 6.50
結晶化
*PLUS
温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
150 mMTris-HCl1droppH7.6
2250 mM1dropNaCl
310 mg/mlprotein1drop
41.4 Msodium acetate1reservoir
50.1 Msodium cacodylate1reservoirpH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6B / 波長: 0.97934,0.97947,0.97166
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979341
20.979471
30.971661
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 6083 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.5 % / Net I/σ(I): 24.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Mean I/σ(I) obs: 6 / % possible all: 94.7
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 33601 / Rmerge(I) obs: 0.066
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.7 % / Rmerge(I) obs: 0.146

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→30 Å / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 -5 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.213 6081 97.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1163 0 0 24 1187
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.236
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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