PDB-1h3m: Structure of 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthetase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1h3m

タイトル

Structure of 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthetase

要素

2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL 4-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE

キーワード

TRANSFERASE / ISOPRENOID / SYNTHETASE

機能・相同性

機能・相同性情報

2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / magnesium ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Kemp, L.E. / Bond, C.S. / Hunter, W.N.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Structure of a Tetragonal Crystal Form of Escherichia Coli 2-C-Methyl-D-Erythritol 4-Phosphate Cytidylyltransferase
著者: Kemp, L.E. / Bond, C.S. / Hunter, W.N.

履歴

登録	2002年9月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2003年8月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1h3m.cif.gz	98.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1h3m.ent.gz	74.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1h3m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1h3m_validation.pdf.gz	449.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1h3m_full_validation.pdf.gz	461.6 KB	表示
XML形式データ	1h3m_validation.xml.gz	19.3 KB	表示
CIF形式データ	1h3m_validation.cif.gz	26.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/1h3m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/1h3m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1iniS 1i52 1inj S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6nlh-2 1i52-1 1r2r-1 4nvt-1 6nlh-3 7tim-d 4ohq-d 6jox-d 2jk2-d 3th6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL 4-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE

B: 2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL 4-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

51.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.604, 73.604, 175.562
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.752795, -0.094528, -0.651433), (-0.071976, -0.971881, 0.224203), (-0.654309, 0.215666, 0.724823)
ベクター: 96.894, 105.433, 23.337)

#1: タンパク質	2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL 4-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE 分子量: 25671.096 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: BL21(DE3) / プラスミド: PET 15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q46893, 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-N2P / PENTANE-1,5-DIAMINE / カダベリン分子量: 102.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₄N₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED MUTATION ALA 91 THR

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.1 %

結晶化

pH: 6
詳細: 0.2M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M SODIUM ACETATE, PH 5.6, 25% PEG 4000

結晶化

*PLUS

温度: 293 K / pH: 7.7 / 手法: 蒸気拡散法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式	詳細
1	9 mg/ml	protein	1	drop
2	100 mM		1	drop	NaCl
3	100 mM	Tris-HCl	1	drop		pH7.7
4	0.1 M	sodium acetate	1	reservoir		pH5.6
5	25 %	PEG4000	1	reservoir
6	0.2 M	ammonium sulfate	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 19619 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 37
反射シェル	解像度: 2.4→2.46 Å / R_merge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 98.6
反射	PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 冗長度: 4.1 % / Num. measured all: 81222 / R_merge(I) obs*: 0.031
反射シェル	PLUS % possible obs: 94.7 % / R_merge(I) obs: 0.271 / Mean I/σ(I) obs*: 3.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.19	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1INI

1ini

解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / SU B: 10.244 / SU ML: 0.242 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.48 / ESU R Free: 0.348 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.333	1000	5.1 %	RANDOM
R_work	0.237	-	-	-
obs	0.241	18554	99.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.08 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.21 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3307	0	12	86	3405

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	3377
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.668	1.953	4601
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.195	5	429
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	538
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2574
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	1599
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	170
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.28	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.267	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.944	1.5	2162
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.737	2	3470
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.35	3	1215
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.784	4.5	1131
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.415	71
R_work	0.3	1294

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.4 Å / Num. reflection obs: 18638 / Num. reflection R_free: 981

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.016
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.67

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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