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万見
- PDB-1h3g: Cyclomaltodextrinase from Flavobacterium sp. No. 92: from DNA seq... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h3g
タイトルCyclomaltodextrinase from Flavobacterium sp. No. 92: from DNA sequence to protein structure
要素Cyclomaltodextrinase
キーワードHYDROLASE / CYCLOMALTODEXTRINASE / GLYCOSIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclomaltodextrinase / cyclomaltodextrinase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cyclomaltodextrinase, N-terminal / Cyclo-malto-dextrinase, C-terminal / Cyclomaltodextrinase, N-terminal / Cyclo-malto-dextrinase C-terminal domain / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases ...Cyclomaltodextrinase, N-terminal / Cyclo-malto-dextrinase, C-terminal / Cyclomaltodextrinase, N-terminal / Cyclo-malto-dextrinase C-terminal domain / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Immunoglobulin E-set / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclomaltodextrinase
類似検索 - 構成要素
生物種Flavobacterium sp. 92 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Fritzsche, H.B. / Schwede, T. / Jelakovic, S. / Schulz, G.E.
引用ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2003
タイトル: Covalent and Three-Dimensional Structure of the Cyclodextrinase from Flavobacterium Sp. No. 92.
著者: Fritzsche, H.B. / Schwede, T. / Schulz, G.E.
履歴
登録2002年9月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年6月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_struct_mod_residue / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.page_last / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.page_last / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_struct_mod_residue.details
改定 1.42019年7月10日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclomaltodextrinase
B: Cyclomaltodextrinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,6806
ポリマ－138,5202
非ポリマー1604
水12,484693
1
A: Cyclomaltodextrinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,3403
ポリマ－69,2601
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: Cyclomaltodextrinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,3403
ポリマ－69,2601
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)181.339, 181.339, 231.511
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.450916, 0.849463, -0.274019), (0.851073, -0.501707, -0.154804), (-0.268978, -0.163407, -0.949183)
ベクター: 46.0989, -48.7896, 91.8113)

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要素

#1: タンパク質 Cyclomaltodextrinase


分子量: 69259.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium sp. 92 (バクテリア)
遺伝子: cdase / プラスミド: PET22B+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KKG0, cyclomaltodextrinase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 693 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細DEGRADATION OF CYCLODEXTRINS AND LINEAR MALTOOLIGOSACCHARIDES, HYDROLIZATION OF DIFFERENT ...DEGRADATION OF CYCLODEXTRINS AND LINEAR MALTOOLIGOSACCHARIDES, HYDROLIZATION OF DIFFERENT MALTOOLIGOSACCHARIDES: GREATEST ACTIVITY FOR LINEAR MALTOOLIGOSACCHARIDES OF 5 OR 6 GLUCOSE MOIETIES AND ALSO FOR CYCLODEXTRINS,TIM-BARREL ENZYME

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
16 mg/mlprotein1drop
250 mMHEPES1reservoirpH7.5
33.8 M1reservoirNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9393
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月3日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL FOCUSSING / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→21 Å / Num. obs: 86572 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.398 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 25 Å / 冗長度: 7.3 % / Num. measured all: 629678 / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.08 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / Num. unique obs: 8625 / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 1.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
SHELXE位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→21.1 Å / SU B: 6.4 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.21 / ESU R Free: 0.17
詳細: FIRST CNS WAS USED FOR REFINEMENT FOLLOWED BY TLS REFINEMENT IN REFMAC
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 1990 2.5 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.189 78154 91.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.14 Å2-1.07 Å20 Å2
2---2.14 Å20 Å2
3---3.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→21.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9542 0 4 693 10239
精密化
*PLUS
最低解像度: 21 Å / Num. reflection obs: 78164
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.34
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.08 Å / 最低解像度: 2.13 Å / Rfactor Rfree: 0.278 / Rfactor Rwork: 0.219 / Num. reflection obs: 4817

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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