[日本語] English
万見
- PDB-1h2h: Crystal structure of TM1643 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h2h
タイトルCrystal structure of TM1643
要素HYPOTHETICAL PROTEIN TM1643
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / POSSIBLE NAD-DEPENDENT OXIDOREDUCTASE / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NESG / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate dehydrogenase / aspartate dehydrogenase activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-NH2 group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD biosynthetic process / NAD binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Aspartate dehydrogenase / L-aspartate dehydrogenase / L-aspartate dehydrogenase, prokaryotic / L-aspartate dehydrogenase, archaeal / Aspartate dehydrogenase, C-terminal / Aspartate/homoserine dehydrogenase, NAD-binding / Homoserine dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Aspartate dehydrogenase / L-aspartate dehydrogenase / L-aspartate dehydrogenase, prokaryotic / L-aspartate dehydrogenase, archaeal / Aspartate dehydrogenase, C-terminal / Aspartate/homoserine dehydrogenase, NAD-binding / Homoserine dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / L-aspartate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Yang, Z. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2003
タイトル: Aspartate dehydrogenase, a novel enzyme identified from structural and functional studies of TM1643.
著者: Yang, Z. / Savchenko, A. / Yakunin, A. / Zhang, R. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Tong, L.
履歴
登録2002年8月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月29日Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年7月5日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32018年6月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / diffrn ...citation / diffrn / diffrn_radiation / diffrn_source
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _diffrn.ambient_temp / _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list
改定 1.42019年8月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_database_related / struct_conn
Item: _pdbx_database_related.db_name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HYPOTHETICAL PROTEIN TM1643
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5222
ポリマ－26,8591
非ポリマー6631
水72140
1
A: HYPOTHETICAL PROTEIN TM1643
ヘテロ分子

A: HYPOTHETICAL PROTEIN TM1643
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0444
ポリマ－53,7172
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+3/21
Buried area6550 Å2
ΔGint-27.9 kcal/mol
Surface area19880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.196, 63.196, 125.673
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質 HYPOTHETICAL PROTEIN TM1643


分子量: 26858.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1X6
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THIS ENTRY IS FROM A STRUCTURAL GENOMICS EXPERIMENT, POSSIBLY AN NAD-DEPENDENT OXIDOREDUCTASE

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.9 %
結晶化pH: 6
詳細: 0.2M KDIH.PHOSPHATE, 22%PEG1500, 2% ETHYLENE GLYCOL, pH 6.00
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mMHEPES1drop
2500 mM1dropNaCl
320 mg/mlprotein1drop
40.2 M1reservoirKH2PO4
522 %PEG15001reservoir
61 mMEDTA1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 / 波長: 0.979 Å
検出器日付: 2002年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 9409 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15 % / Biso Wilson estimate: 36.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 25
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 15 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Mean I/σ(I) obs: 20 / % possible all: 93.2
反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. measured all: 87706 / Rmerge(I) obs: 0.067

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→9.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 4752669.87 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 613 7.5 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.226 8163 99.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.4843 Å2 / ksol: 0.412419 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.34 Å20 Å20 Å2
2--5.34 Å20 Å2
3----10.69 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→9.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1818 0 44 40 1902
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.511.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.62
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.082
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.072.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.62 Å / Rfactor Rfree error: 0.09 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 13 7.3 %
Rwork0.263 165 -
obs--99.4 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.84

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る