+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1h2c | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Ebola virus matrix protein VP40 N-terminal domain in complex with RNA (High-resolution VP40[55-194] variant). | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | VIRUS/VIRAL PROTEIN / FILOVIRUS / EBOLA VIRUS / MATRIX PROTEIN VP40 / ASSEMBLY / BUDDING / VIRUS-VIRAL PROTEIN complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() intracellular transport of virus / host cell endomembrane system / symbiont-mediated suppression of host defenses / symbiont-mediated suppression of host RNAi-mediated antiviral immune response / viral budding / host cell late endosome membrane / viral budding via host ESCRT complex / host cell membrane / viral budding from plasma membrane / host cell ...intracellular transport of virus / host cell endomembrane system / symbiont-mediated suppression of host defenses / symbiont-mediated suppression of host RNAi-mediated antiviral immune response / viral budding / host cell late endosome membrane / viral budding via host ESCRT complex / host cell membrane / viral budding from plasma membrane / host cell / structural constituent of virion / ribonucleoprotein complex / membrane raft / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell plasma membrane / virion membrane / RNA binding / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gomis-Ruth, F.X. / Dessen, A. / Bracher, A. / Klenk, H.D. / Weissenhorn, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Matrix Protein Vp40 from Ebola Virus Octamerizes Into Pore-Like Structures with Specific RNA Binding Properties 著者: Gomis-Ruth, F.X. / Dessen, A. / Timmins, J. / Bracher, A. / Kolesnikowa, L. / Becker, S. / Klenk, H.D. / Weissenhorn, W. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of the Matrix Protein Vp40 from Ebola Virus 著者: Dessen, A. / Volchkov, V. / Dolnik, O. / Klenk, H.D. / Weissenhorn, W. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 43.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 28.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 447.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 448.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| x 8|||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
| |||||||||
詳細 | BIOLOGICAL RELEVANT UNIT IS OCTAMERIC ASSOCIATIONOF THE PROTEIN SUBUNITS. |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15322.634 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 55-194 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: VP40[55-194] VARIANT / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: RNA鎖 | 分子量: 935.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: MRNA STOP CODON SEQUENCE, BIOCHEMICAL SYNTHESIS BY THE EXPRESSION HOST AND UPTAKE BY THE PROTEIN DURING OVEREXPRESSION 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | THE BIOLOGICALLY RELEVANT OLIGOMER IS A HOMO-OCTAMER AS CREATED BY THE CRYSTALLOGRAPHIC 422 ...THE BIOLOGICAL |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1 UL OF PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML) AND 1 UL OF WELL SOLUTION (100 MM HEPES PH 7.5, 1.5 M NH4H2PO4,15 % MPD). HANGING DROP. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.069 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→40 Å / Num. obs: 167556 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 7.1 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 40 Å / Num. obs: 19961 / Num. measured all: 167556 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 78.2 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.341 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.077 Å2
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→40 Å
| ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 40 Å | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|