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万見
- PDB-1h1y: The structure of the cytosolic D-ribulose-5-phosphate 3-epimerase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h1y
タイトルThe structure of the cytosolic D-ribulose-5-phosphate 3-epimerase from rice complexed with sulfate
要素D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE 3-EPIMERASE
キーワードISOMERASE / 3-EPIMERASE / OXIDATIVE PENTOSE PHOSPHATE PATHWAY
機能・相同性
機能・相同性情報


ribulose-phosphate 3-epimerase / D-ribulose-phosphate 3-epimerase activity / pentose-phosphate shunt, non-oxidative branch / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribulose-phosphate 3-epimerase / Ribulose-phosphate 3-epimerase family signature 2. / Ribulose-phosphate 3-epimerase family signature 1. / Ribulose-phosphate 3-epimerase-like / Ribulose-phosphate 3 epimerase family / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribulose-phosphate 3-epimerase, cytoplasmic isoform
類似検索 - 構成要素
生物種ORYZA SATIVA (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Jelakovic, S. / Schulz, G.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structure and Catalytic Mechanism of the Cytosolic D-Ribulose-5-Phosphate 3-Epimerase from Rice
著者: Jelakovic, S. / Kopriva, S. / Suss, K. / Schulz, G.E.
履歴
登録2002年7月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE 3-EPIMERASE
B: D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE 3-EPIMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8264
ポリマ－48,6342
非ポリマー1922
水8,413467
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)41.280, 73.300, 88.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.75, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.894186, 0.163495, 0.416775), (0.157034, -0.986326, 0.050007), (0.419252, 0.020732, -0.907633)
ベクター: -7.909, -2.429, 34.758)

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要素

#1: タンパク質 D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE 3-EPIMERASE


分子量: 24316.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ORYZA SATIVA (イネ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9SE42, ribulose-phosphate 3-epimerase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 467 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CATALYSES INTERCONVERSION BETWEEN D-RIBULOSE 5-PHOSPHATE AND D-XYLULOSE 5-PHOSPHATE. COMPONENT OF ...CATALYSES INTERCONVERSION BETWEEN D-RIBULOSE 5-PHOSPHATE AND D-XYLULOSE 5-PHOSPHATE. COMPONENT OF CALVIN CYCLE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.61 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
16 mg/mlprotein1drop
21.0 Mammonium sulfate1drop
350 mMMOPS1droppH7.5
41 %(w/v)PEG4001drop
510 mMglycerol-3-phosphate1drop
65 mML-arginine1drop
72.0 Mammonium sulfate1reservoir
8100 mMMOPS1reservoirpH7.5
92 %PEG4001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / タイプ: EMBL/DESY, HAMBURG / 波長: 0.91
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→29 Å / Num. obs: 42044 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.021
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 29 Å / % possible obs: 98 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98 % / 冗長度: 4.3 % / Num. unique obs: 5730 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Mean I/σ(I) obs: 16

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解析

ソフトウェア名称: CNS / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.87→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 --RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.175 42694 98.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3282 0 10 467 3759
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 29 Å / % reflection Rfree: 3 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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