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- PDB-1h1o: Acidithiobacillus ferrooxidans cytochrome c4 structure supports a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h1o
タイトルAcidithiobacillus ferrooxidans cytochrome c4 structure supports a complex-induced tuning of electron transfer
要素CYTOCHROME C-552
キーワードELECTRON TRANSPORT / C4 / CYTOCHROME / ELECTRON TRANSFER / HEME
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c4-like / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome c-552
類似検索 - 構成要素
生物種THIOBACILLUS FERROOXIDANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Abergel, C. / Nitschke, W. / Malarte, G. / Bruschi, M. / Claverie, J.-M. / Guidici-Orticoni, M.-T.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: The Structure of Acidithiobacillus Ferrooxidans C(4)-Cytochrome. A Model for Complex-Induced Electron Transfer Tuning
著者: Abergel, C. / Nitschke, W. / Malarte, G. / Bruschi, M. / Claverie, J.-M. / Guidici-Orticoni, M.-T.
履歴
登録2002年7月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月12日Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C-552
B: CYTOCHROME C-552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,01615
ポリマ－39,8732
非ポリマー3,14313
水3,351186
1
A: CYTOCHROME C-552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4627
ポリマ－19,9371
非ポリマー1,5256
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: CYTOCHROME C-552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5548
ポリマ－19,9371
非ポリマー1,6177
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)100.049, 100.049, 149.668
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2022-

HOH

21A-2053-

HOH

31A-2112-

HOH

41A-2115-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CYTOCHROME C-552 / C552 / CYTOCHROME C4


分子量: 19936.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THIOBACILLUS FERROOXIDANS (バクテリア)
参照: UniProt: P74917

-
非ポリマー , 5種, 199分子

#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細BELONGS TO THE CLASS C4 FAMILY OF CYTOCHROMES WITH TWO BOUND HEME MOLECULES PER MOLECULE OF PROTEIN.
配列の詳細MATURE SEQUENCE WITHOUT SIGNAL PEPTIDE NEW NAME PROPOSED: CYC4_THIFE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化pH: 6.5
詳細: MES 0.1M PH 6.5, PEG MME 30%, 10MM ZINC SULFATE, 5% GLYCEROL
結晶化
*PLUS
pH: 2.9 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
220 mMglycine-HCl1droppH2.9
31 mMascorbate1drop
40.1 MMES1reservoirpH6.5
525-30 %PEG MME1reservoir
610 mMzinc sulfate1reservoir
71 mMascorbate1reservoir
85 %glycerol1reservoir

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンESRF BM30A11.74
シンクロトロンESRF ID14-120.98
検出器
ID日付
12000年5月15日
2
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MADMx-ray1
2x-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.741
20.981
反射解像度: 2.13→25 Å / Num. obs: 25043 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 36.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.13→2.2 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.315 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.7
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 35 Å / Num. obs: 23012 / 冗長度: 4.9 % / Num. measured all: 112983 / Rmerge(I) obs: 0.041
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.245 / Mean I/σ(I) obs: 3.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.13→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2693270.24 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: RESIDUES 1 - 11 IN THE FIRST MOLECULE AND 201 - 212 IN THE SECOND MOLECULE ARE DESORDERED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 2504 9.9 %RANDOM
Rwork0.239 ---
obs0.239 25292 99.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.9213 Å2 / ksol: 0.364664 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 45.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.03 Å26.17 Å20 Å2
2--7.03 Å20 Å2
3----14.06 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2618 0 194 186 2998
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.281.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.142
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.92
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.752.5
LS精密化 シェル解像度: 2.13→2.26 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 402 9.7 %
Rwork0.294 3728 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3HEM.PARAMHEM.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 35 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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