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- PDB-1h1n: Atomic resolution structure of the major endoglucanase from Therm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h1n
タイトルAtomic resolution structure of the major endoglucanase from Thermoascus aurantiacus
要素ENDO TYPE CELLULASE ENGI
キーワードHYDROLASE / GLYCOSYL HYDROLASE / FAMILY 5 / SUBTYPE / THERMOPHILIC / THERMOPHILE / ENDOGLUCANASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種THERMOASCUS AURANTIACUS (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換 / 解像度: 1.12 Å
データ登録者Van Petegem, F. / Vandenberghe, I. / Bhat, M.K. / Van Beeumen, J.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2002
タイトル: Atomic Resolution Structure of the Major Endoglucanase from Thermoascus Aurantiacus
著者: Van Petegem, F. / Vandenberghe, I. / Bhat, M.K. / Van Beeumen, J.
履歴
登録2002年7月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年6月28日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42019年5月22日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 1.52019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDO TYPE CELLULASE ENGI
B: ENDO TYPE CELLULASE ENGI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4632
ポリマ－67,4632
非ポリマー00
水17,583976
1
A: ENDO TYPE CELLULASE ENGI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7311
ポリマ－33,7311
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: ENDO TYPE CELLULASE ENGI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7311
ポリマ－33,7311
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)75.764, 84.728, 89.099
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.976, 0.203, -0.078), (-0.204, 0.979, -0.015), (0.074, 0.03, 0.997)
ベクター: -44.93715, -29.14475, -6.83722)

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要素

#1: タンパク質 ENDO TYPE CELLULASE ENGI / ENDO-1 / 4-GLUCANASE


分子量: 33731.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMOASCUS AURANTIACUS (菌類) / 株: IMI216529 / 参照: UniProt: Q8TG26, cellulase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 976 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SWISSPROT ENTRY Q8TG26 REPRESENTS THE SEQUENCE FROM THERMOASCUS AURANTIACUS STRAIN IF09748. THE ...THE SWISSPROT ENTRY Q8TG26 REPRESENTS THE SEQUENCE FROM THERMOASCUS AURANTIACUS STRAIN IF09748. THE CONFLICTS IN THE SEQUENCE ARE MOST LIKELY DUE TO THE VARIATION OBSERVED IN THE STRAIN (IMI216529) USED FOR THE CRYSTALLOGRAPHIC STUDY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.97 %
結晶化pH: 8.5 / 詳細: pH 8.50
結晶化
*PLUS
手法: other
詳細: Bhat, M.K., (2001) American Chemical Society, Washington DC, 204.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.81
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.81 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.12→15 Å / Num. obs: 232102 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 34.29
反射 シェル解像度: 1.12→1.14 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.57 / % possible all: 97.6
反射
*PLUS
最低解像度: 15 Å / Num. measured all: 2988510
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.6 % / Rmerge(I) obs: 0.438

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
ARP/wARP位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 単一同系置換 / 解像度: 1.12→15 Å / Num. parameters: 51673 / Num. restraintsaints: 61948 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.171 10835 5.2 %RANDOM
all0.1327 206423 --
obs0.1437 -94.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-2
Refine analyzeNum. disordered residues: 17 / Occupancy sum hydrogen: 4438 / Occupancy sum non hydrogen: 5697
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.12→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4721 0 0 976 5697
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0292
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.081
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.091
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.06
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.028
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.113
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å / Rfactor Rfree: 0.171 / Rfactor Rwork: 0.1093
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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