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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1h1m | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE ANAEROBICALLY COMPLEXED WITH THE SUBSTRATE KAEMPFEROL | |||||||||
要素 | QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / DIOXYGENASE / FLAVONOL | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | ASPERGILLUS JAPONICUS (カビ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Steiner, R.A. / Dijkstra, B.W. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002 タイトル: Anaerobic Enzyme.Substrate Structures Provide Insight Into the Reaction Mechanism of the Copper- Dependent Quercetin 2,3-Dioxygenase. 著者: Steiner, R.A. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1h1m.cif.gz | 309.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1h1m.ent.gz | 257.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1h1m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1h1m_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1h1m_full_validation.pdf.gz | 2.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1h1m_validation.xml.gz | 71.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1h1m_validation.cif.gz | 103.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/1h1m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/1h1m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 37958.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ASPERGILLUS JAPONICUS (カビ) / 発現宿主: ASPERGILLUS AWAMORI (カビ) / 参照: UniProt: Q7SIC2, quercetin 2,3-dioxygenase |
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-糖 , 4種, 17分子
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||
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#3: 多糖 | #4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #5: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 4種, 1559分子
#6: 化合物 | ChemComp-KMP / #7: 化合物 | ChemComp-CU / #8: 化合物 | ChemComp-MPD / ( #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: HANGING DROP, 21-23% PEG 8000, 200 MM AMMONIUM SULFATE, 100 MM CITRATE BUFFER, PH 5.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.033 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 111775 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 2.25 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 94.8 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94.8 % / Rmerge(I) obs: 0.378 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.9→49.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 3.219 / SU ML: 0.093 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.83 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→49.39 Å
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拘束条件 |
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