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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1h1h | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Eosinophil Cationic Protein in Complex with 2',5'-ADP at 2.0 A resolution Reveals the Details of the Ribonucleolytic Active site | ||||||
要素 | EOSINOPHIL CATIONIC PROTEIN | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / EOSINOPHIL CATIONIC PROTEIN / EOSINOPHIL DERIVED NEUROTOXIN / ADENOSINE-2' / 5'-DIPHOSPHATE / RIBONUCLEASE (リボヌクレアーゼ) / TOXIN (毒素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 induction of bacterial agglutination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA catabolic process / 抗微生物ペプチド / RNA nuclease activity / innate immune response in mucosa / lipopolysaccharide binding / 走化性 / azurophil granule lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide ...induction of bacterial agglutination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA catabolic process / 抗微生物ペプチド / RNA nuclease activity / innate immune response in mucosa / lipopolysaccharide binding / 走化性 / azurophil granule lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / endonuclease activity / defense response to Gram-negative bacterium / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / 自然免疫系 / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Mohan, C.G. / Boix, E. / Evans, H.R. / Nikolovski, Z. / Nogues, M.V. / Cuchillo, C.M. / Acharya, K.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002 タイトル: The Crystal Structure of Eosinophil Cationic Protein in Complex with 2'5'-Adp at 2.0 A Resolution Reveals the Details of the Ribonucleolytic Active Site 著者: Mohan, C.G. / Boix, E. / Evans, H.R. / Nikolovski, Z. / Nogues, M.V. / Cuchillo, C.M. / Acharya, K.R. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1h1h.cif.gz | 43.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1h1h.ent.gz | 29.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1h1h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/1h1h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/1h1h | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1qmtS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15730.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P12724, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-A2P / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | CYTOTOXIN & HELMINTHOT |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.3 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 詳細: 0.5 M SODIUM CHLORIDE, 10% 2-PROPANOL AND 0.1 M HEPES-NAOH PH 8.0. | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 16 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: microseeding, Boix, E., (1999) Biochemistry, 38, 16794. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.8756 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8756 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→40 Å / Num. obs: 12663 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 23.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 14.7 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.92 / % possible all: 99.9 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Num. measured all: 61821 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1QMT 解像度: 2→32.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 41.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→32.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 40 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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