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- PDB-1h0r: Type II Dehydroquinase from Mycobacterium tuberculosis complexed ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h0r
タイトルType II Dehydroquinase from Mycobacterium tuberculosis complexed with 2,3-anhydro-quinic acid
要素3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
キーワードDEHYDRATASE / SHIKIMATE PATHWAY / LYASE / AROMATIC AMINO ACID BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


quinate catabolic process / Chorismate via Shikimate Pathway / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II, conserved site / Dehydroquinase class II signature. / Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II superfamily / Dehydroquinase class II / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3 -ANHYDRO-QUINIC ACID / PHOSPHATE ION / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Roszak, A.W. / Robinson, D.A. / Frederickson, M. / Abell, C. / Coggins, J.R. / Lapthorn, A.J.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Basis for Selectivity of Oxime Based Inhibitors Towards Type II Dehydroquinase from Mycobacterium Tuberculosis
著者: Robinson, D.A. / Roszak, A.W. / Frederickson, M. / Abell, C. / Coggins, J.R. / Lapthorn, A.J.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: The Two Types of 3-Dehydroquinase Have Distinct Structures But Catalyse the Same Overall Reaction
著者: Gourley, D.G. / Shrive, A.K. / Polikarpov, I. / Krell, T. / Coggins, J.R. / Hawkins, A.R. / Isaacs, N.W. / Sawyer, L.
履歴
登録2002年6月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1096
ポリマ－15,6771
非ポリマー4325
水2,756153
1
A: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,30672
ポリマ－188,12112
非ポリマー5,18560
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation27_555-x+1/2,y,-z+1/21
crystal symmetry operation17_554z,x+1/2,y-1/21
crystal symmetry operation45_455y-1/2,z+1/2,x1
crystal symmetry operation31_564-z+1/2,-x+1,y-1/21
crystal symmetry operation35_465y-1/2,-z+1,-x+1/21
crystal symmetry operation44_556-z+1/2,x+1/2,-y+11
crystal symmetry operation22_655-y+1,z+1/2,-x+1/21
crystal symmetry operation6_566z,-x+1,-y+11
crystal symmetry operation12_665-y+1,-z+1,x1
crystal symmetry operation16_565x,-y+3/2,-z+1/21
crystal symmetry operation38_565-x+1/2,-y+3/2,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)126.879, 126.879, 126.879
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number196
Space group name H-MF23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

PO4

21A-203-

CL

31A-2029-

HOH

41A-2100-

HOH

51A-2131-

HOH

61A-2143-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE / 3-DEHYDROQUINASE / TYPE II DHQASE


分子量: 15676.737 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / プラスミド: MPET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P36918, UniProt: P9WPX7*PLUS, 3-dehydroquinate dehydratase

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非ポリマー , 5種, 158分子

#2: 化合物 ChemComp-FA1 / 2,3 -ANHYDRO-QUINIC ACID / 2,3-アンヒドロキナ酸


分子量: 174.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10O5
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.5 %
結晶化pH: 8.5 / 詳細: 15% PEG 8K, 0.2M NA/K PHOSPHATE 0.1M TRIS, pH 8.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 1999年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→70 Å / Num. obs: 43406 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.742 / Mean I/σ(I) obs: 1.75 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2DHQ

2dhq


解像度: 2.1→72.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 4.59 / SU ML: 0.12 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 19-23 ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 901 9.7 %RANDOM
Rwork0.144 ---
obs-8374 92.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→72.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1048 0 25 153 1226
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0211096
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021034
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1911.9711490
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.94432381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2445137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.2178
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.021213
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0160.02213
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.4060.2210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2540.21142
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.2670
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1980.2112
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2080.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2980.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1610.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.321.5685
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.21521094
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1813411
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8614.5396
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.256 55
Rwork0.183 537
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.639 Å / Origin y: 64.859 Å / Origin z: 23.611 Å
111213212223313233
T0.0276 Å2-0.0027 Å2-0.01 Å2-0.0072 Å2-0.0123 Å2--0.0292 Å2
L0.5549 °2-0.0249 °20.3768 °2-0.5596 °2-0.1222 °2--0.2794 °2
S0.0499 Å °0.0218 Å °-0.0536 Å °-0.007 Å °-0.0107 Å °0.0241 Å °0.0292 Å °0.0051 Å °-0.0392 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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