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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1h0m | |||||||||
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タイトル | Three-dimensional structure of the quorum sensing protein TraR bound to its autoinducer and to its target DNA | |||||||||
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![]() | TRANSCRIPTION/DNA / LUXR-TYPE PROTEIN / QUORUM SENSING / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / DNA-BINDING PROTEIN / HOMOSERINE LACTONE / TRAR / TRANSCRIPTION-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() quorum sensing / DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Vannini, A. / Volpari, C. / Gargioli, C. / Muraglia, E. / Cortese, R. / De Francesco, R. / Neddermann, P. / Di Marco, S. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The Crystal Structure of the Quorum Sensing Protein Trar Bound to its Autoinducer and Target DNA 著者: Vannini, A. / Volpari, C. / Gargioli, C. / Muraglia, E. / Cortese, R. / De Francesco, R. / Neddermann, P. / Di Marco, S. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of the Transcriptional Regulator Trar Bound to its Cofactor and to a Specific DNA Sequence 著者: Vannini, A. / Volpari, C. / Gargioli, C. / Muraglia, E. / De Francesco, R. / Neddermann, P. / Di Marco, S. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 215.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 173.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 499.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 557.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 45.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 60.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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詳細 | THE TETRAMERIC COMPLEX IS MADE UP BY TWO PROTEINCHAINS AND TWO DNA CHAINS. THERE ARE TWO SUCH TETRAMERSIN THE STRUCTURE AS INDICATED BY REMARK 350. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27060.037 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR PROTEIN TRAR FROM AGROBACTERIUM TUMEFACIENS 由来: (組換発現) ![]() 解説: ENCODED ON PLASMID PTIA6NC / 遺伝子: traR / Variant: A348 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: DNA鎖 | 分子量: 5515.591 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: TRABOX / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 化合物 | ChemComp-LAE / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | POSITIVE REGULATOR OF CONJUGAL TRANSFER OF TI PLASMIDS. ACTIVATES TARGET GENES IN THE PRESENCE OF 3- ...POSITIVE REGULATOR OF CONJUGAL TRANSFER OF TI PLASMIDS. ACTIVATES TARGET GENES IN THE PRESENCE OF 3-OXYOCTANOY | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.6 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.2 詳細: 50 MM MES PH 6.2, 200 MM CALCIUM ACETATE, 5% PEG 8000, 3 MM DTT. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月15日 | |||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 3→50 Å / Num. obs: 27075 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 21.8 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.479 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 98.2 | |||||||||
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 278470 | |||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.2 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: MAXIMUM-LIKELIHOOD TARGET USING THE EXPERIMENTAL PHASE PROBABILITY DISTRIBUTION
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.86 Å2 / ksol: 0.28 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 74.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.28 / Rfactor Rwork: 0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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