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- PDB-1h0m: Three-dimensional structure of the quorum sensing protein TraR bo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h0m
タイトルThree-dimensional structure of the quorum sensing protein TraR bound to its autoinducer and to its target DNA
要素
  • 5'-D(*AP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*TP *CP*TP*GP*CP*AP*CP*AP*T)-3'
  • Transcriptional activator protein TraR
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / LUXR-TYPE PROTEIN / QUORUM SENSING / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / DNA-BINDING PROTEIN / HOMOSERINE LACTONE / TRAR / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


quorum sensing / DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding
類似検索 - 分子機能
Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain superfamily / Autoinducer binding domain / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Beta-Lactamase ...Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain superfamily / Autoinducer binding domain / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Beta-Lactamase / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LAE / DNA / DNA (> 10) / Transcriptional activator protein TraR
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium radiobacter (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Vannini, A. / Volpari, C. / Gargioli, C. / Muraglia, E. / Cortese, R. / De Francesco, R. / Neddermann, P. / Di Marco, S.
引用
ジャーナル: Embo J. / : 2002
タイトル: The Crystal Structure of the Quorum Sensing Protein Trar Bound to its Autoinducer and Target DNA
著者: Vannini, A. / Volpari, C. / Gargioli, C. / Muraglia, E. / Cortese, R. / De Francesco, R. / Neddermann, P. / Di Marco, S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / : 2002
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of the Transcriptional Regulator Trar Bound to its Cofactor and to a Specific DNA Sequence
著者: Vannini, A. / Volpari, C. / Gargioli, C. / Muraglia, E. / De Francesco, R. / Neddermann, P. / Di Marco, S.
履歴
登録2002年6月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月5日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02020年12月16日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_mod_residue / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_variant / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_mod_residue.details / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_site.pdbx_num_residues
改定 2.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional activator protein TraR
B: Transcriptional activator protein TraR
C: Transcriptional activator protein TraR
D: Transcriptional activator protein TraR
E: 5'-D(*AP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*TP *CP*TP*GP*CP*AP*CP*AP*T)-3'
F: 5'-D(*AP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*TP *CP*TP*GP*CP*AP*CP*AP*T)-3'
G: 5'-D(*AP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*TP *CP*TP*GP*CP*AP*CP*AP*T)-3'
H: 5'-D(*AP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*TP *CP*TP*GP*CP*AP*CP*AP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,26812
ポリマ-130,3038
非ポリマー9654
1,51384
1
A: Transcriptional activator protein TraR
B: Transcriptional activator protein TraR
E: 5'-D(*AP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*TP *CP*TP*GP*CP*AP*CP*AP*T)-3'
F: 5'-D(*AP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*TP *CP*TP*GP*CP*AP*CP*AP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6346
ポリマ-65,1514
非ポリマー4832
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: Transcriptional activator protein TraR
D: Transcriptional activator protein TraR
G: 5'-D(*AP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*TP *CP*TP*GP*CP*AP*CP*AP*T)-3'
H: 5'-D(*AP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*TP *CP*TP*GP*CP*AP*CP*AP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6346
ポリマ-65,1514
非ポリマー4832
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)66.993, 94.678, 209.669
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.0466, 0.9988, -0.0181), (-0.9987, 0.0469, 0.0181), (0.019, 0.0173, 0.9997)2.7998, 94.7708, 50.8009
2given(0.0886, 0.9956, -0.0317), (-0.9959, 0.0892, 0.0151), (0.0178, 0.0302, 0.9994)0.8146, 92.7003, 50.0746
詳細THE TETRAMERIC COMPLEX IS MADE UP BY TWO PROTEINCHAINS AND TWO DNA CHAINS. THERE ARE TWO SUCH TETRAMERSIN THE STRUCTURE AS INDICATED BY REMARK 350.

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要素

#1: タンパク質
Transcriptional activator protein TraR


分子量: 27060.037 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR PROTEIN TRAR FROM AGROBACTERIUM TUMEFACIENS
由来: (組換発現) Rhizobium radiobacter (バクテリア)
解説: ENCODED ON PLASMID PTIA6NC / 遺伝子: traR / Variant: A348 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant (発現宿主): B834-DE3 / 参照: UniProt: P33905
#2: DNA鎖
5'-D(*AP*TP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*TP *CP*TP*GP*CP*AP*CP*AP*T)-3'


分子量: 5515.591 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: TRABOX / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-LAE / 3-OXO-OCTANOIC ACID (2-OXO-TETRAHYDRO-FURAN-3-YL)-AMIDE / N-(3-OXO-OCTANAL-1-YL)-HOMOSERINE LACTONE / N-(3-オキソオクタノイル)-L-ホモセリンラクトン


分子量: 241.284 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C12H19NO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
構成要素の詳細POSITIVE REGULATOR OF CONJUGAL TRANSFER OF TI PLASMIDS. ACTIVATES TARGET GENES IN THE PRESENCE OF 3- ...POSITIVE REGULATOR OF CONJUGAL TRANSFER OF TI PLASMIDS. ACTIVATES TARGET GENES IN THE PRESENCE OF 3-OXYOCTANOYL-HOMOSERINE AND ALSO ACTIVATES TRAR AND TRAI.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.6 %
結晶化pH: 6.2
詳細: 50 MM MES PH 6.2, 200 MM CALCIUM ACETATE, 5% PEG 8000, 3 MM DTT.
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.21 mMprotein1drop
250 mMMES1reservoirpH6.2
3200 mMcalcium acetate1reservoir
45 %(w/v)PEG80001reservoir
53 mMdithiothreitol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979186, 0.979349
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月15日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791861
20.9793491
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 27075 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.479 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 98.2
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 278470
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.2 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SnB位相決定
SHARP位相決定
CNX2000.1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: MAXIMUM-LIKELIHOOD TARGET USING THE EXPERIMENTAL PHASE PROBABILITY DISTRIBUTION
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 1299 4.9 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs-26681 97.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.86 Å2 / ksol: 0.28 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 74.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.26 Å20 Å20 Å2
2--15.56 Å20 Å2
3----12.29 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.58 Å0.52 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7397 1464 68 84 9013
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.13
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 235 5.4 %
Rwork0.337 4099 -
obs--96.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3AAI.PARWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAMAAI.TOP
X-RAY DIFFRACTION5CIS_PEPTIDE.PARAM
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.28 / Rfactor Rwork: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.13

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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