[日本語] English
万見
- PDB-1gzi: CRYSTAL STRUCTURE OF TYPE III ANTIFREEZE PROTEIN FROM OCEAN POUT,... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gzi
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF TYPE III ANTIFREEZE PROTEIN FROM OCEAN POUT, AT 1.8 ANGSTROM RESOLUTION
要素HPLC-12 TYPE III ANTIFREEZE PROTEIN
キーワードICE-BINDING PROTEIN / ANTIFREEZE PROTEIN / OCEAN POUT / GLYCOPROTEIN / MACROZOARCES AMERICANUS / MULTIGENE FAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
Antifreeze, type III / Type Iii Antifreeze Protein Isoform Hplc 12 / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal domain / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal / Antifreeze protein-like domain profile. / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type-3 ice-structuring protein HPLC 12
類似検索 - 構成要素
生物種Macrozoarces americanus (魚類)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Antson, A.A. / Lewis, S. / Roper, D.I. / Smith, D.J. / Hubbard, R.E.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: The Structure of Type III Antifreeze Protein from Ocean Pout
著者: Antson, A.A. / Lewis, S. / Roper, D.I. / Smith, D.J. / Hubbard, R.E.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1995
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Crystallographic Studies on Type III Antifreeze Protein
著者: Jia, Z. / Deluca, C.I. / Davies, P.L.
#2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1993
タイトル: Use of Proline Mutants to Help Solve the NMR Solution Structure of Type III Antifreeze Protein
著者: Chao, H. / Davies, P.L. / Sykes, B.D. / Sonnichsen, F.D.
履歴
登録1996年10月25日処理サイト: BNL
改定 1.01997年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HPLC-12 TYPE III ANTIFREEZE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9081
ポリマ－6,9081
非ポリマー00
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.550, 39.300, 45.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 HPLC-12 TYPE III ANTIFREEZE PROTEIN


分子量: 6908.155 Da / 分子数: 1 / 変異: P64A, P65A, DEL(A66) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macrozoarces americanus (魚類) / 組織: BLOOD SERUM / 細胞株: BL21 / 遺伝子: RECOMBINANT TYPE III AFP HPLC / 器官: BLOOD / Variant: HPLC-12 COMPONENT / プラスミド: PET22B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli
遺伝子 (発現宿主): RECOMBINANT TYPE III AFP HPLC FRACTION 12
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P19614
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.8 %
結晶化pH: 5.6 / 詳細: 50% AMMONIUM SULFATE, 0.1M SODIUM ACETATE, PH 5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年7月18日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→15 Å / Num. obs: 5155 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 21.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.208 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CCP4モデル構築
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
CCP4データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.8→15 Å / σ(F): 0
詳細: THE FOLLOWING RESIDUES WERE MODELED IN TWO CONFORMATIONS: VAL A 20 - SIDE CHAIN ATOMS. SER A 42 - TWO CONFORMATIONS FOR THE SIDE CHAIN HYDROXYL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 -9.7 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs-5709 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数483 0 0 54 537
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0110.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0290.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0350.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.352
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.022.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it4.014
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it6.026
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1720.2
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.190.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2550.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor5.17
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor17.615
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor7.225
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る