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- PDB-1gz6: (3R)-HYDROXYACYL-COA DEHYDROGENASE FRAGMENT OF RAT PEROXISOMAL MU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gz6
タイトル(3R)-HYDROXYACYL-COA DEHYDROGENASE FRAGMENT OF RAT PEROXISOMAL MULTIFUNCTIONAL ENZYME TYPE 2
要素ESTRADIOL 17 BETA-DEHYDROGENASE 4
キーワードDEHYDROGENASE / 17BETA-HSD4 / MFE-2 / BETA-OXIDATION / PEROXISOME / SDR / STEROID BIOSYNTHESIS / OXIDOREDUCTASE / NADP / MULTIGENE FAMIL
機能・相同性
機能・相同性情報


Beta-oxidation of pristanoyl-CoA / alpha-linolenic acid (ALA) metabolism / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / 3alpha,7alpha,12alpha-trihydroxy-5beta-cholest-24-enoyl-CoA hydratase / 3alpha,7alpha,12alpha-trihydroxy-5beta-cholest-24-enoyl-CoA hydratase activity / very long-chain fatty-acyl-CoA metabolic process / medium-chain fatty-acyl-CoA metabolic process / : / (3R)-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (NAD+) activity / Beta-oxidation of very long chain fatty acids ...Beta-oxidation of pristanoyl-CoA / alpha-linolenic acid (ALA) metabolism / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / 3alpha,7alpha,12alpha-trihydroxy-5beta-cholest-24-enoyl-CoA hydratase / 3alpha,7alpha,12alpha-trihydroxy-5beta-cholest-24-enoyl-CoA hydratase activity / very long-chain fatty-acyl-CoA metabolic process / medium-chain fatty-acyl-CoA metabolic process / : / (3R)-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (NAD+) activity / Beta-oxidation of very long chain fatty acids / enoyl-CoA hydratase 2 / Peroxisomal protein import / 3-hydroxyacyl-CoA dehydratase activity / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+) activity / very long-chain fatty acid metabolic process / (3S)-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (NAD+) activity / : / Sertoli cell development / enoyl-CoA hydratase activity / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / response to steroid hormone / estrogen metabolic process / fatty acid beta-oxidation / androgen metabolic process / isomerase activity / cholesterol metabolic process / peroxisome / response to xenobiotic stimulus / protein homodimerization activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #4290 / : / MFE-2 hydratase 2 N-terminal domain / : / SCP2 sterol-binding domain / SCP-2 sterol transfer family / SCP2 sterol-binding domain superfamily / MaoC-like dehydratase domain / MaoC like domain / short chain dehydrogenase ...Helix Hairpins - #4290 / : / MFE-2 hydratase 2 N-terminal domain / : / SCP2 sterol-binding domain / SCP-2 sterol transfer family / SCP2 sterol-binding domain superfamily / MaoC-like dehydratase domain / MaoC like domain / short chain dehydrogenase / HotDog domain superfamily / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / Helix Hairpins / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / Peroxisomal multifunctional enzyme type 2
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Haapalainen, A.M. / Hiltunen, J.K. / Glumoff, T.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: Binary Structure of the Two-Domain (3R)-Hydroxyacyl-Coa Dehydrogenase from Rat Peroxisomal Multifunctional Enzyme Type 2 at 2.38 A Resolution
著者: Haapalainen, A.M. / Koski, M.K. / Qin, Y.M. / Hiltunen, J.K. / Glumoff, T.
履歴
登録2002年5月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESTRADIOL 17 BETA-DEHYDROGENASE 4
B: ESTRADIOL 17 BETA-DEHYDROGENASE 4
C: ESTRADIOL 17 BETA-DEHYDROGENASE 4
D: ESTRADIOL 17 BETA-DEHYDROGENASE 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,43213
ポリマ－139,2904
非ポリマー3,1429
水14,718817
1
A: ESTRADIOL 17 BETA-DEHYDROGENASE 4
B: ESTRADIOL 17 BETA-DEHYDROGENASE 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2647
ポリマ－69,6452
非ポリマー1,6195
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: ESTRADIOL 17 BETA-DEHYDROGENASE 4
D: ESTRADIOL 17 BETA-DEHYDROGENASE 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1686
ポリマ－69,6452
非ポリマー1,5234
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)89.466, 82.748, 95.745
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9884, -0.0005, 0.1522), (-0.0006, -1, 0.0003), (0.1522, -0.0004, -0.9884)
ベクター: 180, 359.849, 85.632)

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要素

#1: タンパク質
ESTRADIOL 17 BETA-DEHYDROGENASE 4 / 17-BETA-HSD 4 / 17-BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE / HSD IV17-BETA-HSD 4


分子量: 34822.527 Da / 分子数: 4
断片: (3R)-HYDROXYACYL-COA DEHYDROGENASE FRAGMENT, RESIDUES 1-319
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 器官: LIVER / プラスミド: PET3D/DHDELTASCP-2LDELTA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P97852, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 817 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化pH: 5.5
詳細: 21 % PEG 6000, 0.2 M LITHIUM SULFATE 0.1 M NA-CACODYLATE, PH 5.5, 10 MM NAD+, 0.23 MM TRITON X-100
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
121 %(w/v)PEG60001reservoir
20.2 M1reservoirLi2SO4
30.1 Msodium cacodylate1reservoirpH5.5
43.9 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979578,0.979269,0.972433
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年5月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9795781
20.9792691
30.9724331
反射解像度: 2.38→20 Å / Num. obs: 55717 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 22.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.38→2.46 Å / Rmerge(I) obs: 0.211 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / % possible all: 98.4
反射
*PLUS
最低解像度: 24 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.4 % / Num. unique obs: 5466

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.38→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 2809 5.1 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.197 55603 98.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 69.1235 Å2 / ksol: 0.352456 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.55 Å20 Å2-2.02 Å2
2---11.36 Å20 Å2
3---2.81 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8943 0 201 817 9961
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 2.38→2.52 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 457 5.1 %
Rwork0.194 8510 -
obs--96.2 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: NAI_XPLOR_PAR.TXT / Topol file: NAI_XPLOR_TOP.TXT
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. reflection all: 55603 / Num. reflection obs: 52794
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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