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万見
- PDB-1gym: PHOSPHATIDYLINOSITOL-SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C IN COMPLEX WITH GLU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gym
タイトルPHOSPHATIDYLINOSITOL-SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C IN COMPLEX WITH GLUCOSAMINE-(ALPHA-1-6)-MYO-INOSITOL
要素PHOSPHATIDYLINOSITOL-SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C
キーワードHYDROLASE (PHOSPHORIC DIESTER) / PHOSPHATIDYLINOSITOL SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C / GLUCOSAMINYL (ALPHA-1-6)-D-MYO-INOSITOL / INHIBITOR COMPLEX / LIPID DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylinositol diacylglycerol-lyase / phosphatidylinositol diacylglycerol-lyase activity / phosphoric diester hydrolase activity / lipid catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Phosphatidylinositol (PI) phosphodiesterase / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain X / Phosphatidylinositol-specific phospholipase X-box domain profile. / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MYG / 1-phosphatidylinositol phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Heinz, D.W. / Ryan, M. / Smith, M.P. / Weaver, L.H. / Keana, J.F.W. / Griffith, O.H.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of phosphatidylinositol-specific phospholipase C from Bacillus cereus in complex with glucosaminyl(alpha 1-->6)-D-myo-inositol, an essential fragment of GPI anchors.
著者: Heinz, D.W. / Ryan, M. / Smith, M.P. / Weaver, L.H. / Keana, J.F. / Griffith, O.H.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1995
タイトル: Crystal Structure of the Phosphatidylinositol-Specific Phospholipase C from Bacillus Cereus in Complex with Myo-Inositol
著者: Heinz, D.W. / Ryan, M. / Bullock, T.L. / Griffith, O.H.
#2: ジャーナル: Biophys.J. / 年: 1993
タイトル: Crystallization of Phosphatidylinositol-Specific Phospholipase C from Bacillus Cereus
著者: Bullock, T.L. / Ryan, M. / Kim, S.L. / Remington, S.J. / Griffith, O.H.
#3: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1989
タイトル: Phosphatidylinositol-Specific Phospholipase C of Bacillus Cereus: Cloning, Sequencing, and Relationship to Other Phospholipases
著者: Kuppe, A. / Evans, L.M. / Mcmillen, D.A. / Griffith, O.H.
履歴
登録1996年5月2日処理サイト: BNL
改定 1.01996年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月7日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHATIDYLINOSITOL-SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9102
ポリマ－34,5691
非ポリマー3411
水2,288127
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.200, 46.500, 161.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHATIDYLINOSITOL-SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C


分子量: 34568.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 遺伝子: PI-PLC GENE / プラスミド: PBR322 RELATED / 遺伝子 (発現宿主): PI-PLC GENE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14262, EC: 3.1.4.10
#2: 糖 ChemComp-MYG / (1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside / GLUCOSAMINYL-(ALPHA-6)-D-MYO-INOSITOL / (1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucoside / (1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl 2-amino-2-deoxy-D-glucoside / (1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl 2-amino-2-deoxy-glucoside / VP-606L


タイプ: D-saccharide / 分子量: 341.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H23NO10
識別子タイププログラム
glucosaminyl-(alpha-6)-D-myo-inositolIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
14 mg/mlPI-PLC1drop
215 mMGlcN(alpha1-6)Ins.1drop
320 mMHEPES1drop
40.005 %1dropNaN3
518.5 %PEG6001drop
60.095 Mtrisodium citrate1drop
71.25 mMbeta-mercaptoethanol1drop
82.25 M1reservoirNaCl

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年7月22日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 15359 / % possible obs: 72.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.043
反射
*PLUS
% possible obs: 75 % / Num. measured all: 32130 / Rmerge(I) obs: 0.047
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.22 Å / % possible obs: 62.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
検出器SUPPLIED SOFTWAREデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.2→8 Å / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 -10 %
Rwork0.178 --
obs0.178 14670 75 %
原子変位パラメータBiso mean: 20.5 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2991 0 0 137 3128
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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