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- PDB-1gxs: Crystal Structure of Hydroxynitrile Lyase from Sorghum bicolor in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gxs
タイトルCrystal Structure of Hydroxynitrile Lyase from Sorghum bicolor in Complex with Inhibitor Benzoic Acid: a novel cyanogenic enzyme
要素(P-(S)-HYDROXYMANDELONITRILE LYASE CHAIN ...) x 2
キーワードLYASE / INHIBITOR COMPLEX / CYANOGENESIS MECHANISM
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxymandelonitrile lyase / hydroxymandelonitrile lyase activity
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #11320 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #940 / Peptidase S10, serine carboxypeptidase / Serine carboxypeptidases, histidine active site / Serine carboxypeptidase / Serine carboxypeptidases, histidine active site. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain ...Rossmann fold - #11320 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #940 / Peptidase S10, serine carboxypeptidase / Serine carboxypeptidases, histidine active site / Serine carboxypeptidase / Serine carboxypeptidases, histidine active site. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID / DECANOIC ACID / P-(S)-hydroxymandelonitrile lyase / P-(S)-hydroxymandelonitrile lyase
類似検索 - 構成要素
生物種SORGHUM BICOLOR (タカキビ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lauble, H. / Miehlich, B. / Foerster, S. / Wajant, H. / Effenberger, F.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Crystal Structure of Hydroxynitrile Lyase from Sorghum Bicolor in Complex with the Inhibitor Benzoic Acid: A Novel Cyanogenic Enzyme
著者: Lauble, H. / Miehlich, B. / Foerster, S. / Wajant, H. / Effenberger, F.
履歴
登録2002年4月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月26日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE ...SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P-(S)-HYDROXYMANDELONITRILE LYASE CHAIN A
B: P-(S)-HYDROXYMANDELONITRILE LYASE CHAIN B
C: P-(S)-HYDROXYMANDELONITRILE LYASE CHAIN A
D: P-(S)-HYDROXYMANDELONITRILE LYASE CHAIN B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,39012
ポリマ－96,2174
非ポリマー2,1728
水5,963331
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26280 Å2
ΔGint-78.9 kcal/mol
Surface area30070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.700, 103.700, 90.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細THE BIOLOGICALLY ACTIVE SUBUNIT IS A HETEROTETRAMER FORMED BY TWO AB-HETERODIMERS

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要素

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P-(S)-HYDROXYMANDELONITRILE LYASE CHAIN ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 P-(S)-HYDROXYMANDELONITRILE LYASE CHAIN A / HNL / HYDROXYNITRILE LYASE


分子量: 30395.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ISOENZYME II / 由来: (天然) SORGHUM BICOLOR (タカキビ) / 組織: PRIMARY LEAVES OF SEEDLINGS
参照: UniProt: Q8W4X3, UniProt: P52708*PLUS, hydroxymandelonitrile lyase
#2: タンパク質 P-(S)-HYDROXYMANDELONITRILE LYASE CHAIN B / HNL / HYDROXYNITRILE LYASE


分子量: 17713.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ISOENZYME II / 由来: (天然) SORGHUM BICOLOR (タカキビ) / 組織: PRIMARY LEAVES OF SEEDLINGS
参照: UniProt: Q8W4X3, UniProt: P52708*PLUS, hydroxymandelonitrile lyase

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糖 , 2種, 4分子

#3: 多糖 beta-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpb1-3[DGlcpNAcb1-4]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1b_1-5]/1-2-1/a3-b1_a4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 335分子

#4: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#5: 化合物 ChemComp-DKA / DECANOIC ACID / デカン酸


分子量: 172.265 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細VARIANTS LISTED IN SEQADV RECORDS WERE SUPPLIED BY THE AUTHORS OF THE PDB ENTRY, AND WERE NOT ...VARIANTS LISTED IN SEQADV RECORDS WERE SUPPLIED BY THE AUTHORS OF THE PDB ENTRY, AND WERE NOT OBTAINED FROM THE SWISS-PROT ENTRY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化pH: 5.4
詳細: 100MM NA-CITRATE PH 5.4 USING 1.6 M AMMONIUM SULFATE
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Lauble, H., (1996) Acta Crystallogr., D52, 887.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
113 mg/mlprotein1drop
2100 mMbenzoic acid1drop
3100 mMsodium citrate1droppH5.4
41.6 Mammonium sulfate1reservoir
5100 mMsodium citrate1reservoirpH5.4

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→17 Å / Num. obs: 100992 / % possible obs: 88.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 15.6 Å2 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / % possible all: 82.9
反射
*PLUS
最低解像度: 17 Å / Num. obs: 51747 / Num. measured all: 100992 / Rmerge(I) obs: 0.059
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82.9 % / Rmerge(I) obs: 0.114

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3SC2

3sc2


解像度: 2.3→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: ASYMMETRIC UNIT CONTAINS 2 ALPHA/ BETA-DIMERS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 5122 10.1 %RANDOM
Rwork0.165 ---
obs0.165 50480 85.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 18.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6748 0 146 331 7225
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.21
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.611.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3.912
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.422
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it6.322.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 655 10.3 %
Rwork0.216 5693 -
obs--64.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19XHOH.PROTOPH19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARBEZ.PROTOPBEZ.PRO
X-RAY DIFFRACTION3PARDKA.PROTOPDKA.PRO
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 8 Å / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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