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- PDB-1gxe: Central domain of cardiac myosin binding protein C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gxe
タイトルCentral domain of cardiac myosin binding protein C
要素MYOSIN BINDING PROTEIN C, CARDIAC-TYPE
キーワードCYTOSKELETON / MUSCLE / IGI / THICK FILAMENT / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


C zone / regulation of muscle filament sliding / striated muscle myosin thick filament / regulation of striated muscle contraction / cardiac myofibril / Striated Muscle Contraction / M band / regulation of cardiac muscle cell contraction / A band / structural constituent of muscle ...C zone / regulation of muscle filament sliding / striated muscle myosin thick filament / regulation of striated muscle contraction / cardiac myofibril / Striated Muscle Contraction / M band / regulation of cardiac muscle cell contraction / A band / structural constituent of muscle / sarcomere organization / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / myosin heavy chain binding / myosin binding / ATPase activator activity / heart morphogenesis / cardiac muscle contraction / titin binding / sarcomere / actin binding / cell adhesion / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / MyBP-C, tri-helix bundle domain / Tri-helix bundle domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. ...: / MyBP-C, tri-helix bundle domain / Tri-helix bundle domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Myosin-binding protein C, cardiac-type
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Pfuhl, M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structure, Stability and Dynamics of the Central Domain of Cardiac Myosin Binding Protein C (Mybp-C): Implications for Multidomain Assembly and Causes for Cardiomyopathy
著者: Idowu, S. / Gautel, M. / Perkins, S. / Pfuhl, M.
#1: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2002
タイトル: Sequence Specific Resonance Assignment of the Central Domain of Cardiac Myosin Binding Protein C (Mybp-C)
著者: Idowu, S. / Gautel, M. / Pfuhl, M.
履歴
登録2002年4月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月28日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_nmr_software / struct
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant / _pdbx_nmr_software.name / _struct.title
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYOSIN BINDING PROTEIN C, CARDIAC-TYPE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3951
ポリマ－15,3951
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200RESTRAINT VIOLATIONS 0.2 A
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 MYOSIN BINDING PROTEIN C, CARDIAC-TYPE / CARDIAC MYBP-C / C-PROTEIN - CARDIAC MUSCLE ISOFORM


分子量: 15395.244 Da / 分子数: 1 / 断片: DOMAIN C5, RESIDUES 641-770 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HIS-TAGGED PROTEIN / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: MUSCLE / 解説: CARDIAC PROTEIN / Cell: MYOCYTE / 器官: HEART / プラスミド: PET8C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14896

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N NOESY-HSQC
12113C NOESY-HSQC
NMR実験の詳細Text: 3D 15N NOESY-HSQC & 3D 13C NOESY-HSQC IN 90% H2O/10% D2O 3D 13C NOESY-HSQC IN 99% D2O

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試料調製

試料状態イオン強度: 100 MM NACL / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: SIMULATED ANNEALING WITH STANDARD XPLOR PROTOCOL DESCRIBED IN MANUSCRIPT. RESIDUES -9 TO -1 CONSTITUTE A HIS-TAG. THESE RESIDUES WERE PRESENT IN THE EXPERIMENT BUT WERE NOT ASSIGNED NOR USED ...詳細: SIMULATED ANNEALING WITH STANDARD XPLOR PROTOCOL DESCRIBED IN MANUSCRIPT. RESIDUES -9 TO -1 CONSTITUTE A HIS-TAG. THESE RESIDUES WERE PRESENT IN THE EXPERIMENT BUT WERE NOT ASSIGNED NOR USED IN THE STRUCTURE CALCULATION.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: RESTRAINT VIOLATIONS 0.2 A
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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