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万見
- PDB-1gx7: Best model of the electron transfer complex between cytochrome c3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gx7
タイトルBest model of the electron transfer complex between cytochrome c3 and [Fe]-hydrogenase
要素
  • (PERIPLASMIC [FE] HYDROGENASE ...) x 2
  • CYTOCHROME C3
キーワードOXIDOREDUCTASE / ELECTRON TRANSFER COMPLEX / HYDROGENASE / MULTIHEME CYTOCHROME / SOFT DOCKING / OXIDOREDUCTASE ELECTRON TRANSPORT / 4FE-4S / IRON-SULFUR
機能・相同性
機能・相同性情報


ferredoxin hydrogenase / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / iron-sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Iron hydrogenase, small subunit HydB-type / 4Fe-4S dicluster domain / Iron hydrogenase, small subunit superfamily / Iron hydrogenase, subset / Class III cytochrome C / Class III cytochrome C family / Iron hydrogenase, small subunit / : / Iron hydrogenase small subunit / Iron hydrogenase small subunit ...Iron hydrogenase, small subunit HydB-type / 4Fe-4S dicluster domain / Iron hydrogenase, small subunit superfamily / Iron hydrogenase, subset / Class III cytochrome C / Class III cytochrome C family / Iron hydrogenase, small subunit / : / Iron hydrogenase small subunit / Iron hydrogenase small subunit / Iron hydrogenase, large subunit, C-terminal / Iron hydrogenase / Iron only hydrogenase large subunit, C-terminal domain / Cytochrome c, class III / Multiheme cytochrome c family profile. / 4Fe-4S binding domain / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Multiheme cytochrome superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / CYANIDE ION / : / HEME C / 1,3-PROPANEDITHIOL / IRON/SULFUR CLUSTER / Cytochrome c3 / Periplasmic [Fe] hydrogenase large subunit / Periplasmic [Fe] hydrogenase small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種DESULFOVIBRIO VULGARIS (バクテリア)
手法溶液NMR / 理論モデル
Model type detailsMINIMIZED AVERAGE
データ登録者Elantak, L. / Morelli, X. / Bornet, O. / Hatchikian, C. / Czjzek, M. / Dolla, A. / Guerlesquin, F.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2003
タイトル: The Cytochrome C(3)-[Fe]-Hydrogenase Electron-Transfer Complex: Structural Model by NMR Restrained Docking
著者: Elantak, L. / Morelli, X. / Bornet, O. / Hatchikian, C. / Czjzek, M. / Dolla, A. / Guerlesquin, F.
履歴
登録2002年3月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42019年8月21日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_nmr_software / struct_conn
Item: _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52019年11月27日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: database_PDB_caveat / pdbx_struct_conn_angle ...database_PDB_caveat / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PERIPLASMIC [FE] HYDROGENASE LARGE SUBUNIT
D: PERIPLASMIC [FE] HYDROGENASE SMALL SUBUNIT
E: CYTOCHROME C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,86617
ポリマ－62,0093
非ポリマー3,85714
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

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要素

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PERIPLASMIC [FE] HYDROGENASE ... , 2種, 2分子 AD

#1: タンパク質 PERIPLASMIC [FE] HYDROGENASE LARGE SUBUNIT


分子量: 40239.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DESULFOVIBRIO VULGARIS (バクテリア) / 株: HILDENBOROUGH / 参照: UniProt: P07598, 1.18.99.1
#2: タンパク質 PERIPLASMIC [FE] HYDROGENASE SMALL SUBUNIT


分子量: 10082.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DESULFOVIBRIO VULGARIS (バクテリア) / 株: HILDENBOROUGH / 参照: UniProt: P07603, 1.18.99.1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 E

#3: タンパク質 CYTOCHROME C3


分子量: 11687.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DESULFOVIBRIO VULGARIS (バクテリア) / 株: HILDENBOROUGH / 参照: UniProt: P00131

-
非ポリマー , 6種, 14分子

#4: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 化合物 ChemComp-PDT / 1,3-PROPANEDITHIOL / 1,3-プロパンジチオ-ル


分子量: 108.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8S2
#6: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#7: 化合物 ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド


分子量: 26.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#8: 化合物 ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#9: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4

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実験情報

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実験

実験
手法
溶液NMR
理論モデル
NMR実験タイプ: HSQC
NMR実験の詳細Text: THE COMPLEX MODEL WAS DETERMINED WITH NMR-RESTRAINED (HSQC) SOFT DOCKING, THEN MINIMIZED BY MOLECULAR DYNAMICS

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試料調製

試料状態イオン強度: 10 MM PHOSPHATE BUFFER / pH: 5.9 / 圧: 1 atm / 温度: 296 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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データ収集

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX5002

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解析

NMR software名称: X-PLOR / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
精密化ソフトェア番号: 1
詳細: A MOLECULAR DYNAMICS CALCULATION (AMBER FORCE FIELD) WITH SHAKE RESTRAINTS FOR THE HETEROATOMS WAS PERFORMED HEAT-BATH TEMPERATURE: 280 K INITIAL VELOCITIES FROM A MAXWELL-BOLTZMAN ...詳細: A MOLECULAR DYNAMICS CALCULATION (AMBER FORCE FIELD) WITH SHAKE RESTRAINTS FOR THE HETEROATOMS WAS PERFORMED HEAT-BATH TEMPERATURE: 280 K INITIAL VELOCITIES FROM A MAXWELL-BOLTZMAN DISTRIBUTION AT 280K. SHAKE RESTRAINTS WITH A TOLERANCE OF 0.0004. THIS IS A MODEL COMPLEX OBTAINED BY NMR-RESTRAINED SOFT DOCKING AND MINIMIZATION.
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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