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- PDB-1gwi: The 1.92 A structure of Streptomyces coelicolor A3(2) CYP154C1: A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gwi
タイトルThe 1.92 A structure of Streptomyces coelicolor A3(2) CYP154C1: A new monooxygenase that functionalizes macrolide ring systems
要素CYTOCHROME P450 154C1
キーワードOXIDOREDUCTASE / STREPTOMYCES / CYP154C1 / MACROLIDE ANTIBIOTICS / 12- AND 14- CARBON MACROLACTONE MONOOXYGENASE / HEME / OXIDOREDUCTASE.
機能・相同性
機能・相同性情報


biflaviolin synthase / pigment metabolic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / biflaviolin synthase
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOMYCES COELICOLOR (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Podust, L.M. / Kim, Y. / Arase, M. / Neely, B.A. / Beck, B.J. / Bach, H. / Sherman, D.H. / Lamb, D.C. / Kelly, S.L. / Waterman, M.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: The 1.92 A Structure of Streptomyces Coelicolor A3(2) Cyp154C1: A New Monooxygenase that Functionalizes Macrolide Ring Systems
著者: Podust, L.M. / Kim, Y. / Arase, M. / Neely, B.A. / Beck, B.J. / Bach, H. / Sherman, D.H. / Lamb, D.C. / Kelly, S.L. / Waterman, M.R.
履歴
登録2002年3月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月5日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME P450 154C1
B: CYTOCHROME P450 154C1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,96112
ポリマ－88,9592
非ポリマー2,00110
水9,368520
1
A: CYTOCHROME P450 154C1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4806
ポリマ－44,4801
非ポリマー1,0015
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: CYTOCHROME P450 154C1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4806
ポリマ－44,4801
非ポリマー1,0015
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)62.728, 131.973, 134.886
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME P450 154C1 / CYP154C1


分子量: 44479.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOMYCES COELICOLOR (バクテリア)
株: A3(2) / プラスミド: PET17B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3) / 参照: UniProt: Q9L142
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 520 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細BELONGS TO THE CYTOCHROME P450 FAMILY
配列の詳細4 HISTIDINES ARE ADDED AT THE C-TERMINUS 5 N-TERMINAL RESIDUES IN THE A CHAIN ARE DISORDERED 6 N- ...4 HISTIDINES ARE ADDED AT THE C-TERMINUS 5 N-TERMINAL RESIDUES IN THE A CHAIN ARE DISORDERED 6 N-TERMINAL RESIDUES IN THE B CHAIN ARE DISORDERED 9 REDIDUES LACK SIDE CHAINS DUE TO POOR ELECTRON DENSITY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化温度: 295 K / pH: 6.5
詳細: 1.6 M MGSO4, 100 MM MES, PH=6.5, 10 MM 2-METHYLIMIDAZOLE, 22 C, pH 6.50
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.4 mMprotein1drop
210 mMTris-HCl1droppH7.5
3450 mM1dropNaCl
40.5 mMEDTA1drop
51.6 M1reservoirMgSO4
6100 mMMES1reservoirpH6.5
710 mM2-methylimidazole1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.5418,1.74161,1.73841, 1.61018
検出器タイプ: APS / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
21.741611
31.738411
41.610181
反射解像度: 1.9→100 Å / Num. obs: 86084 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 23.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 1.92→1.99 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 99.7
反射
*PLUS
最高解像度: 1.92 Å / 最低解像度: 100 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.7 % / Rmerge(I) obs: 0.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
CNS位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.92→37.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 291599.72 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 8423 10 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.208 83855 97.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.9262 Å2 / ksol: 0.375512 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.82 Å20 Å20 Å2
2--5.87 Å20 Å2
3----5.05 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→37.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6062 0 126 520 6708
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.571.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.472
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.512
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.862.5
LS精密化 シェル解像度: 1.92→2.04 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 1304 10.1 %
Rwork0.274 11560 -
obs--90.7 %
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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