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- PDB-1gve: Aflatoxin aldehyde reductase (AKR7A1) from Rat Liver -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gve
タイトルAflatoxin aldehyde reductase (AKR7A1) from Rat Liver
要素AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 3
キーワードOXIDOREDUCTASE / ALDO-KETO REDUCTASE / AFLATOXIN B1 / SUCCINIC SEMIALDEHYDE OXIDOREDUCTASE / AKR7 FAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


Aflatoxin activation and detoxification / aflatoxin catabolic process / aflatoxin metabolic process / aldo-keto reductase (NADPH) activity / 酸化還元酵素 / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Aflatoxin B1 aldehyde reductase member 3
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Kozma, E. / Brown, E. / Ellis, E.M. / Lapthorn, A.J.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: The Crystal Structure of Rat Liver Akr7A1: A Dimeric Member of the Aldo-Keto Reductase Superfamily
著者: Kozma, E. / Brown, E. / Ellis, E.M. / Lapthorn, A.J.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993
タイトル: An Ethoxyquin-Inducible Aldehyde Reductase from Rat Liver that Metabolizes Aflatoxin B1 Defines a Subfamily of Aldo-Keto Reductases
著者: Ellis, E.M. / Judah, D.J. / Neal, G.E. / Hayes, J.D.
履歴
登録2002年2月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月21日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 3
B: AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,62116
ポリマ－73,5802
非ポリマー2,04114
水9,080504
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6680 Å2
ΔGint-16.5 kcal/mol
Surface area23790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.540, 64.680, 112.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.03, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.97152, -0.04903, -0.23181), (-0.03974, -0.99822, 0.04455), (-0.23358, -0.03407, -0.97174)
ベクター: 8.0454, 10.75928, 66.67067)

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要素

#1: タンパク質 AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 3 / AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE / AFLATOXIN ALDEHYDE REDUCTASE / AKR7A1 / AFB1-AR / B1 ALDEHYDE ...AFLATOXIN B1 ALDEHYDE REDUCTASE / AFLATOXIN ALDEHYDE REDUCTASE / AKR7A1 / AFB1-AR / B1 ALDEHYDE REDUCTASE MEMBER 1 / RAFAR1


分子量: 36789.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 器官: LIVER / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P38918, 酸化還元酵素
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 504 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
解説: DATA EFFECTIVELY 100% COMPLETE TO 1.7A RESOLUTION. DATA WERE ANISOTROPIC RESULTING IN THE LOW COMPLETENESS AT HIGH RESOLUTION
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: SITTING DROP METHOD WITH 1MICROLITRE PROTEIN (6 MG/ML) AND 1MICROLITRE WELL 20% PEG8K, 0.2M LITHIUM SULPHATE, 0.1M SODIUM CITRATE PH 5.
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 %PEG80001reservoir
20.2 Mlithium sulfate1reservoir
30.1 Msodium citrate1reservoirpH5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.83
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年8月15日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: TRIANGULAR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.83 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→30 Å / Num. obs: 134602 / % possible obs: 85.4 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 1.38→1.43 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.467 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 43
反射
*PLUS
Num. obs: 158665
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 42.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EXB

1exb


解像度: 1.38→28.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 2.993 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18 7094 5 %RANDOM
Rwork0.158 ---
obs0.159 3768 73.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.38→28.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4895 0 133 504 5532
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0215173
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024610
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.7011.9716992
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg2.207310745
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2761
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025675
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021063
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2430.31123
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2050.34636
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.2960.58
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.5495
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.04203
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1710.39
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1950.325
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.5790.512
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5891.53102
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.14324972
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.33832071
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5774.52020
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.38→1.42 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.297 198
Rwork0.295 3768
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6672-0.33740.68640.7703-0.25761.7787-0.00720.2314-0.0409-0.20430.07680.1059-0.12130.0019-0.06950.2371-0.04670.00380.01330.02350.144233.0999.29210.766
21.00610.32750.47540.22880.10270.52420.03-0.1489-0.01-0.00110.01320.0230.0417-0.1193-0.04320.1609-0.01510.03980.05050.02120.191438.5010.60447.945
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 327
2X-RAY DIFFRACTION1A1328
3X-RAY DIFFRACTION2B4 - 327
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. reflection obs: 134602 / Rfactor Rfree: 0.178 / Rfactor Rwork: 0.157
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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