+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gto | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | HIGH RESOLUTION STRUCTURE OF A HYPERSTABLE HELICAL BUNDLE PROTEIN MUTANT | ||||||
![]() | ROP | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION REGULATION / TURN / HELIX PACKING / CRYSTAL CONTACTS | ||||||
機能・相同性 | Helix Hairpins - #230 / Regulatory protein Rop / Rop-like superfamily / Rop protein / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / identical protein binding / Regulatory protein rop![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Agrawal, V. / Predki, P. / Regan, L. / Brunger, A.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Amino-acid substitutions in a surface turn modulate protein stability. 著者: Predki, P.F. / Agrawal, V. / Brunger, A.T. / Regan, L. #1: ![]() タイトル: Amino-Acid Substitutions in a Surface Turn Modulate Protein Stability 著者: Predki, P.F. / Agrawal, V. / Brunger, A.T. / Regan, L. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 46.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 34.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 439.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 441.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | THREE ROP PROTOMERS ARE IN THE ASYMMETRIC UNIT, TWO OF WHICH ARE RELATED BY A NON-CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD RELATIONSHIP FORMING A ROP DIMER (B/C). THE THIRD ROP PROTOMER (A) FORMS ANOTHER ROP DIMER THROUGH A CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY MATE. |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6991.702 Da / 分子数: 3 / 変異: M1G, D30G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | THE HYPERSTABLE MUTANT, ROP D30G, SHOWED LITTLE INTRAMOLECULAR CHANGE FROM WILD TYPE. THE R.M.S ...THE HYPERSTABL | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.68 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | *PLUS pH: 6.8 / 手法: unknown / 詳細: Banner, D.W., (1987) J. Mol. Biol., 196, 657. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
---|---|
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年2月15日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 28.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.82 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 17635 / % possible obs: 98.9 % |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.82 Å / 最低解像度: 1.87 Å / % possible obs: 99.4 % / Rmerge(I) obs: 0.241 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 1.82→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.2 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.82→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.82→1.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.024
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|