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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gtg | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the thermostable serine-carboxyl type proteinase, kumamolysin (kscp) | ||||||
要素 | KUMAMOLYSIN | ||||||
キーワード | HYDROLASE / SERINE-CARBOXYL TYPE PROTEINASE / THERMOSTABLE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tripeptidyl-peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | BACILLUS NOVOSP. MN-32 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Comellas-Bigler, M. / Fuentes-Prior, P. / Maskos, K. / Huber, R. / Oyama, H. / Uchida, K. / Dunn, B.M. / Oda, K. / Bode, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2002 タイトル: The 1.4 A Crystal Structure of Kumamolysin. A Thermostable Serine-Carboxyl-Type Proteinase 著者: Comellas-Bigler, M. / Fuentes-Prior, P. / Maskos, K. / Huber, R. / Oyama, H. / Uchida, K. / Dunn, B.M. / Oda, K. / Bode, W. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gtg.cif.gz | 82 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gtg.ent.gz | 58.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gtg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/1gtg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/1gtg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36317.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) BACILLUS NOVOSP. MN-32 (バクテリア) 解説: BACTERIUM FOUND IN HOTSPRING WATER NEAR VOLCANOES / プラスミド: PS3-A1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM 109 / 参照: UniProt: Q8RR56*PLUS |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.2 詳細: 100 MM SODIUM ACETATE PH 5.2 1.2 M AMMONIUM SULPHATE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.26→36.27 Å / Num. obs: 61798 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 7 |
反射 シェル | 解像度: 2.27→2.39 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.232 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 87.5 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.27 Å / 最低解像度: 36.3 Å / Num. obs: 13692 / Num. measured all: 26014 / Rmerge(I) obs: 0.091 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 87.4 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1GA1 解像度: 2.3→15 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 13
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.27 Å / 最低解像度: 36.3 Å / Num. reflection obs: 12659 / Rfactor obs: 0.206 / Rfactor Rfree: 0.258 / Rfactor Rwork: 0.206 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.227 |